Estudo das características evolutivas, polimórficas e somáticas dos retrovírus endógenos

• Processo: 13/10659-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2013
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Beneficiário: Andrei Rozanski
• Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Evolução molecular Genômica Retrovirus endógenos Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | câncer | Evolução | Genômica | Retrovírus Endógenos | Bioinformática

Resumo

Grande parte do genoma humano (45%) e de outros primatas é composta por elementos transponíveis. Entre estes elementos, estão os retrovírus endógenos (ERVs), que em humanos são conhecidos como HERVs. Estes elementos são remanescentes de infecções virais em células germinativas que ocorreram durante a nossa história evolutiva. A maioria dos ERVs sofreu inativação por meio de deleções, inserções e ou outras mutações, porém alguns ainda estão ativos. Em humanos, 22 famílias de HERVs já foram catalogadas e, ao menos, uma delas merece destaque. A superfamília K apresenta características relevantes, entre elas, membros com inserção recente e atividade biológica preservada. Embora existam evidências de que os ERVs estão associados ao processo de evolução e desenvolvimento de novas características biológicas, também existem trabalhos demonstrando que estes retroelementos estão associados a algumas patologias, tais como a esquizofrenia e o câncer. De maneira interessante, a contribuição dos ERVs para todos estes fenômenos vem sendo estudada em decorrência do desenvolvimento de técnica de sequenciamento maciço de DNA, análise e integração de dados em larga escala. Neste projeto pretendemos estudar diferentes aspectos concernentes aos ERVs, tais como suas características evolutivas nos primatas, suas características polimórficas na população humana e inserções somáticas em genomas tumorais. Para isso, utilizaremos ferramentas de bioinformática aplicadas ao enorme conjunto de genomas disponíveis publicamente. Também faremos validações experimentais de alguns candidatos selecionados. Esperamos identificar todos os ERVs em primatas, estudar a sua origem, conservação e potencial funcional em cada um dos organismos selecionados. Também pretendemos identificar aqueles HERVs ainda ativos e o seu potencial polimórfico, sua fixação, frequência alélica nas principais populações humanas e, por fim, identificar e entender o papel de HERVs ativos em genomas tumorais. No final, acreditamos que iremos contribuir para um maior e melhor entendimento do papel biológico e patológico destes retroelementos na nossa e em outras espécies de primatas. (AU)