Estudo de mudanças nas redes de coexpressão gênica

• Processo: 13/14722-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 15 de setembro de 2013
• Data de Término da vigência: 22 de julho de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Probabilidade e Estatística - Probabilidade e Estatística Aplicadas
• Pesquisador responsável: Anatoli Iambartsev
• Beneficiário: Lina Dornelas Thomas
• Supervisor: Andriy Morgun
• Instituição Sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Oregon State University (OSU), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 13/06223-1 - Novas inferências estatísticas explorando mudanças causais em redes biológicas, BP.DR
• Assunto(s): Redes complexas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: microarray | Redes Complexas | systems biology | Redes Complexas, Systems Biology

Resumo

O principal objetivo deste projeto é o mesmo que no projecto de doutoramento que é de entender como um sistema biológico transita de um estado para outro através do estudo da dinâmica de redes de expressão gênica reconstruídas. Para comecar, vamos analisar dois modelos biológicos diferentes. O primeiro é sobre o efeito do sistema imunológico nas funções homeostáticas do epitélio intestinal e o segundo lida com o câncer de colo de útero. O trabalho já foi iniciado com os dados do primeiro modelo. Os resultados alcançados são bastante consistentes com o que sabemos sobre o funcionamento do sistema imunológico. Em ambos os estudos, é necessário fazer uma análise pesada com os dados de expressão gênica com cerca de 1000 bases de dados. Para isso, grandes recursos computacionais, tais como cluster de computadores do Centro de Pesquisa Genômica e Bioinformática (CGRB) da Oregon State University (OSU) pode melhorar e acelerar a pesquisa. Além disso, na OSU podemos contar com uma equipe transdisciplinar de profissionais de diversas áreas e laboratórios diferentes, o que irá intensificar e diversificar o conhecimento do candidato através de seminários, conferências e grupos de estudo. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DONG, XIAOXI; YAMBARTSEV, ANATOLY; RAMSEY, STEPHEN A.; THOMAS, LINA D.; SHULZHENKO, NATALIA; MORGUN, ANDREY. Reverse enGENEering of Regulatory Networks from Big Data: A Road map for Biologists. BIOINFORMATICS AND BIOLOGY INSIGHTS, v. 9, p. 61-74, 2015. (13/06223-1, 13/14722-8)