Dinâmica da interação entre Ku70NLS e Importina-alfa na via clássica de importação nuclear

• Processo: 12/19447-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2013
• Data de Término da vigência: 20 de julho de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Ney Lemke
• Beneficiário: Marcos Tadeu Geraldo
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 14/21976-9 - Interação entre Ku70NLS e importina-alfa baseado em dinâmica molecular com modos normais excitados (MDeNM), BE.EP.DR
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinâmica Molecular | Importina-alpha | Ku70 | Ku80 | modos normais | Biologia Estrutural de Proteínas

Resumo

Os sistemas de importação nuclear são responsáveis pelo intercâmbio entre citoplasma-núcleo, permitindo que proteínas com função nuclear migrem através da membrana que separa as duas regiões da célula. Um importante grupo de proteínas importadas para o núcleo são as proteínas envolvidas nas vias de reparo do DNA, como exemplo, a proteína Ku70, que está envolvida na via de reparo da quebra da dupla-fita por meio de junção de terminais não homólogos. A Ku70 é transportada pela via clássica de importação nuclear mediada pela Importina-alfa e Importina-beta, ligando-se diretamente à Importina-alfa por meio do reconhecimento de uma sequência de localização nuclear (NLS). De forma geral, para as proteínas a serem importadas, esse reconhecimento de NLS pode ocorrer pelo sítio primário e secundário ou somente pelo sítio primário da Importina-alfa, caracterizando a NLS como bipartida ou monopartida, respectivamente. Em um estudo cristalográfico mostrou-se que a Ku70NLS é monopartida, no entanto, os resíduos próximos à região N-terminal do peptídeo não tiveram sua estrutura elucidada. Curiosamente, há um estudo mostrando que esses resíduos parecem ter um papel fundamental para o reconhecimento pela Importina-alfa, porém nenhum estudo avaliou com maiores detalhes como ocorre a interação destes resíduos. Dessa forma, o presente projeto propõe o emprego de técnicas de simulação de dinâmica molecular, análise de modos normais e docking molecular para o estudo do complexo Ku70NLS:Importina-alfa. O principal objetivo deste estudo é avaliar se a Ku70NLS pode interagir como um modelo clássico de NLS bipartida/monopartida ou se há a ocorrência de interações do tipo não-clássicas. Adicionalmente, realizaremos experimentos de Calorimetria de Titulação Isotérmica (ITC), que aliados aos dados computacionais, poderão nos responder se a Ku70NLS se liga à Importina-alfa como um modelo de NLS bipartida ou monopartida.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GERALDO, MARCOS TADEU; SEKIJIMA TAKEDA, AGNES ALESSANDRA; KIMUS BRAZ, ANTONIO SERGIO; LEMKE, NEY. Bending-Twisting Motions and Main Interactions in Nucleoplasmin Nuclear Import. PLoS One, v. 11, n. 6, JUN 3 2016. (14/21976-9, 12/19447-2)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

GERALDO, Marcos Tadeu. Caracterização in silico dos mecanismos de interação entre sequências de localização nuclear e Importina-α. 2016. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.