Interação entre Ku70NLS e importina-alfa baseado em dinâmica molecular com modos normais excitados (MDeNM)

Resumo

O sistema de importação nuclear é responsável pela troca de moléculas de proteína entre os compartimentos citoplásmicos e nucleares. O sistema mais estudado para as proteínas é a via de importação nuclear clássica, que é mediada por Importina-alfa e Importina-beta com o reconhecimento de uma sequência de localização nuclear (NLS) nas proteínas a serem transportadas. Este reconhecimento em NLSs clássicos pode ocorrer com ligação nos sítios principal e secundário da Importina-alfa ou apenas no sítio principal, caracterizando, assim, o NLS como bipartido ou monopartido, respectivamente. O objetivo do nosso trabalho é investigar a interação do complexo Ku70NLS e Importina-alfa combinando simulações de dinâmica molecular (MD) e análise de modos normais (NMA). Para este propósito, usaremos a metodologia desenvolvida recentemente de MDeNM (Dinâmica Molecular com modos normais excitados) em que as direções dos NM de baixa freqüência são privilegiados durante uma curta MD. As vantagens desta técnica são: (1) diferentes conformações estruturais com grande amostragem são geradas, proporcionando assim um apoio para as análises estatísticas desejadas, e (2) o tempo de cálculo é muito mais curto do que a MD convencional. Usaremos neste estudo a estrutura do Ku70NLS modelados como uma NLS bipartida e complexada com Importina-alfa. No final das simulações, utilizaremos para a análise as distâncias entre os diferentes tipos de resíduos da interface de peptideo-proteína. Uma vez que reunirmos uma amostragem significativa de estruturas, podemos avaliar estatisticamente quais os resíduos da NLS permanecem associados com a Importina e determinar, assim, se Ku70 interage como uma NLS bipartida ou monopartida. (AU)