Ferramenta computacional para identificação de micro-organismos com base em assinaturas genômicas

• Processo: 13/15174-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2013
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica de Processos e Sistemas
• Pesquisador responsável: Jose Luiz Rybarczyk Filho
• Beneficiário: Tahila Andrighetti
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Metagenômica Entropia (termodinâmica) Sequências repetitivas do ácido nucleico Guanina Citosina Teoria da informação
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Concentração de guanina e citosina | Entropia | metagenômica | Periodicidade no DNA | Sequências de DNA | teoria da informação | Bioinformática

Resumo

O avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA permitiu a diminuição de seu custo e o aumento de sua velocidade, consequentemente causando um aumento considerável no montante de dados gerados. Entretanto, o desenvolvimento de algoritmos eficientes para a análise desses dados não tem acompanhado esse progresso, principalmente tratando-se de dados metagenômicos. A Metagenômica consiste no sequenciamento de vários microorganismos de uma amostra de um determinado ambiente sem que haja a necessidade de isolamento dos mesmos. É importante para a caracterização de ambientes, pois a maioria dos microorganismos não podem ser cultivados em laboratório. As sequências obtidas por metagenômica são pequenos fragmentos com não mais de 700pb, que geralmente são identificados a partir do alinhamento com genomas inteiros armazenados em bancos de dados. Contudo, essa metodologia de análise é demorada e não se mostra tão precisa quando utilizamos pequenos fragmentos de DNA, pois fatores biológicos como transferência lateral de genes e rearranjos cromossômicos interferem no resultado. Uma das alternativas para facilitar essa caracterização é a utilização de assinaturas genômicas para uma análise prévia das sequências. Assinaturas genômicas são padrões de organização das sequências formadas pela pressão de seleção dos meios em que os organismos vivem. Elas são específicas de cada espécie, e quanto mais próximos da escala evolutiva dois organismos estiverem, menos modificadas serão suas assinaturas genômicas. Esse método não sofre as mesmas interferências do alinhamento, pois as assinaturas estão presentes no genoma inteiro. Neste projeto utilizaremos medidas de organização de sequências em fragmentos de DNA de várias espécies de microrganismos, com o intuito de encontrar assinaturas genômicas que possam ser utilizadas para auxiliar na identificação dos fragmentos a nível de gênero, reduzindo as possibilidades a serem analisadas e assim simplificando as metodologias de caracterização de sequências. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ANDRIGHETTI, Tahila. Ferramenta computacional para identificação de micro-organismos com base em assinaturas genômicas. 2015. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.