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Desenvolvimento de um pipeline de bioinformática para identificação de doenças infecciosas emergentes em pacientes em regime de transfusão crônica

Processo: 19/07861-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de junho de 2019
Vigência (Término): 31 de maio de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Svetoslav Nanev Slavov
Beneficiário:Ian Nunes Valença
Instituição-sede: Hemocentro de Ribeirão Preto. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da USP (HCMRP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:17/23205-8 - Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas, AP.JP
Assunto(s):Biologia computacional   Metagenômica   Medicina transfusional   Transfusão de sangue   Doenças transmissíveis emergentes   Pipeline (hardware)

Resumo

Os estudos envolvendo metagenômica viral vem conquistando o espaço científico nas últimas décadas devido os avanços revolucionários do sequenciamento de nova geração (do inglês Next Generation Sequencing, SNG) e, principalmente, devido a possiblidade de avaliar a presença de agentes infecciosos virais emergentes sem a necessidade de conhecer qualquer característica genômica dos mesmos. Nesse panorama, destacam-se os pacientes que recebem múltiplas transfusões de sangue ou tratamentos contínuos com hemoderivados (beta-talassemia, anemia falciforme e hemofilia) pelo fato de apresentarem um alto risco de aquisição de doenças infecciosas parenterais e manifestarem alterações imunológicas que permitem o desenvolvimento de infecções virais crônicas. Portanto, esse grupo torna-se um alvo de interesse para identificação de agentes virais emergentes, re-emergentes e não suspeitos que, por um lado, podem afetar de uma maneira negativa a sobrevivência dos pacientes e por outro podem revelar agentes virais não suspeitos com impacto na medicina transfusional. Um dos maiores desafios da análise do metagenoma viral é apresentado pela condução da análise bioinformática. Algumas dificuldades incluem o processamento de grande quantidade de dados, falta de recursos humanos capacitados para a execução das análises no Brasil, sofisticação das ferramentas de bioinformática e a interpretação da relevância clínica dos dados obtidos. Portanto, o objetivo dessa proposta é desenvolver um pipeline utilizando ferramentas bioinformáticas para analisar o viroma em amostras de sangue obtidas de pacientes com talassemia, anemia falciforme e hemofilia. Adicionalmente, será feita uma análise da evolução molecular dos agentes virais com relevância clínica incluindo análise filogenética, presença de subpopulações virais e genótipos circulantes. O desenvolvimento desse projeto conta com colaborações internacionais do Instituto Pasteur, Paris, França e o Instituto Nacional de Transfusão Sanguínea, Paris, França. (AU)

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Publicações científicas (8)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; BUB, CAROLINA BONET; PERONNI, KAMILA CHAGAS; DE FIGIUEIREDO BARROS, BRUNA DURAES; DA COSTA LIRA, SANNY MARCELE; KUTNER, JOSE MAURO; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Virome comparison of deferred blood donations obtained from different geographic regions in the Sao Paulo State, Brazil. TRANSFUSION AND APHERESIS SCIENCE, v. 60, n. 3 JUN 2021. Citações Web of Science: 0.
BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE OLIVEIRA, LEONARDO SCALON; MORENO, EDSON L.; UBIALI, EUGENIA M. AMORIM; SILVEIRA, ROBERTA MARANINCHI; DA SILVA JUNIOR, WILSON A.; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV N. Viral metagenomics in blood donations with post-donation illness reports from Brazil. BLOOD TRANSFUSION, v. 19, n. 2, p. 93-101, MAR-APR 2021. Citações Web of Science: 0.
VALENCA, IAN NUNES; DOS SANTOS, RAFAEL BEZERRA; PERONNI, KAMILA CHAGAS; SAUVAGE, VIRGINIE; VANDENBOGAERT, MATHIAS; CARO, VALERIE; DA SILVA JUNIOR, WILSON ARAUJO; COVAS, DIMAS TADEU; SILVA-PINTO, ANA CRISTINA; LAPERCHE, SYRIA; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Deep sequencing applied to the analysis of viromes in patients with beta-thalassemia. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 63, 2021. Citações Web of Science: 0.
BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; BITENCOURT, HELLEN TAYANA; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Molecular evolution pattern of Merkel cell polyomavirus identified by viral metagenomics in plasma of high-risk blood donors from the Brazilian Amazon. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 85, NOV 2020. Citações Web of Science: 0.
NUNES VALENCA, I; SILVA-PINTO, A. C.; ARAUJO DA SILVA JUNIOR, W.; COVAS, D. TADEU; KASHIMA, S.; NANEV SLAVOV, S. Viral metagenomics in Brazilian multiply transfused patients with sickle cell disease as an indicator for blood transfusion safety. TRANSFUSION CLINIQUE ET BIOLOGIQUE, v. 27, n. 4, p. 237-242, NOV 2020. Citações Web of Science: 0.
BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; VALENCA, IAN N.; RUY, PATRICIA DE CASSIA; XIMENEZ, JOAO P. B.; SILVA JUNIOR, WILSON A.; COVAS, DIMAS T.; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV N. The novel coronavirus SARS-CoV-2: From a zoonotic infection to coronavirus disease 2019. Journal of Medical Virology, v. 92, n. 11 JUN 2020. Citações Web of Science: 2.
BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DIEFENBACH, CRISTIANE FRACAO; PEREIRA, DALNEI VEIGA; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Viral metagenomics performed in patients with acute febrile syndrome during Toxoplasma gondii outbreak in south Brazil. Brazilian Journal of Infectious Diseases, v. 24, n. 3, p. 250-255, MAY-JUN 2020. Citações Web of Science: 0.
RAFAEL DOS SANTOS BEZERRA; KAMILA CHAGAS PERONNI; BRUNA DURÃES DE FIGUEIREDO BARROS; LEONARDO SCALON DE OLIVEIRA; EVANDRA STRAZZA RODRIGUES; ROCHELE AZEVEDO; EUGÊNIA MARIA AMORIM UBIALI; DIMAS TADEU COVAS; SIMONE KASHIMA; SVETOSLAV NANEV SLAVOV. Viral metagenomics in blood donors with post-donation diseases and negative tests for dengue and Zika viruses RNA detection during a major outbreak of arboviruses in Sao Paulo State in 2016. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 62, p. -, 2020. Citações Web of Science: 0.

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