Desenvolvimento de uma pipeline de bioinformática para a identificação de doenças infecciosas emergentes em pacientes com regime de transfusão crônica

Autor(es)

Ian Nunes Valença

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: Ribeirão Preto.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC)
• Data de defesa: 2021-06-14

Membros da banca

Svetoslav Nanev Slavov; Marta Giovanetti; Flávia Leite Souza Santos

• Orientador: Svetoslav Nanev Slavov

Resumo

O risco do surgimento de novas doenças infecciosas tem sido um fator de preocupação há várias décadas. Atualmente, diversas condições como urbanização, desflorestamento, aumento da mobilidade aérea e alta densidade de criação de animais para abate são alguns dos fatores que corroboram para surgimento de doenças infecciosas emergentes em um espaço de tempo cada vez menor. Esse risco potencial é ainda mais acentuado nas regiões equatoriais e tropicais do globo, onde os vírus de origem zoonótica possuem maiores chances de contato com a população humana, desafiando medidas de biossegurança de diversas áreas da saúde, inclusive de bancos de sangue, devido à possibilidade de transmissão transfusional desses agentes. Portanto, esse estudo visa a análise do viroma de pacientes com hemoglobinopatias submetidos a um regime transfusional crônico e hemofilia utilizando uma pipeline de bioinformática para a análise computacional de dados de Sequenciamento de Nova Geração (SNG). Esses pacientes possuem alto risco de aquisição de doenças transmissíveis via transfusão devido ao alto volume de sangue que recebem durante o tratamento clínico. A pipeline utilizada demonstrou êxito na análise bioinformática contendo os seguintes programas para cada um dos respectivos processos: Controle de qualidade (FastQC), Filtragem (Trimmomatic, Prinseq, Deconseq), Classificação e montagem (Kraken 2, SPAdes, BLASTn, BLASTx). Os agentes mais importantes identificados foram classificados utilizando a análise Filogenética. Nesse projeto foram avaliadas 75 amostras, provenientes de pacientes com hemoglobinopatias (30 de pacientes com beta-talassemia e 45 com anemia falciforme) submetidos a regime de transfusão crônica e 5 amostras de pacientes com hemofilia tratados com fatores plasmáticos. Como controle testamos 76 amostras de doadores de sangue. A análise metagenômica identificou vírus pertencentes a duas famílias virais principais: Anneloviridae e Flaviviridae. Os anelovírus foram os vírus mais abundantes nos pacientes com beta-talassemia. Em segundo lugar nós conseguimos identificar o flavivírus pegivirus humano 1 (HPgV-1, GBV-C ou vírus da hepatite G). No grupo de pacientes com beta-talassemia conseguimos identificar viremia por Hepatite B e Hepatite C. No grupo de pacientes com anemia falciforme, o vírus HPgV-1 foi o mais representativo. Também em pacientes com anemia falciforme conseguimos identificar contaminantes do sequenciamento como plasmídeos, correspondendo majoritariamente a vetores de clonagem utilizados na prática laboratorial. A abundância viral foi semelhante entre doadores de sangue e pacientes que recebem hemocomponentes o que sugere que o surgimento de vírus que podem ameaçar a segurança transfusional é um evento de baixa probabilidade, porém a análise metagenômica pode ser utilizada para identificar futuros agentes que podem ter impacto na hemoterapia. (AU)

• Processo FAPESP: 19/07861-8 - Desenvolvimento de um pipeline de bioinformática para identificação de doenças infecciosas emergentes em pacientes em regime de transfusão crônica
• Beneficiário: Ian Nunes Valença
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado