| Processo: | 13/25084-2 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de maio de 2014 |
| Data de Término da vigência: | 30 de abril de 2015 |
| Área de conhecimento: | Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação |
| Pesquisador responsável: | João Meidanis |
| Beneficiário: | Priscila Do Nascimento Biller |
| Supervisor: | Eric Tannier |
| Instituição Sede: | Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil |
| Instituição Anfitriã: | Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA Rhône-Alpes), França |
| Vinculado à bolsa: | 12/14104-0 - Problemas de Rearranjo de Genomas Vistos Através de Permutações, Matrizes e Outros Conceitos de Álgebra, BP.DR |
| Assunto(s): | Biologia computacional Genomas Evolução molecular Rearranjo gênico |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Biologia Computacional | Comparação de genomas | Evolução in silico | Biologia Computacional |
Resumo Estudos evolutivos moleculares sistematicamente enfrentam um problema de validação, já que não temos acesso direto às moléculas ancestrais de milhões de anos atrás. Portanto, hipóteses sobre a forma dos genomas ancestrais, que em geral são muito antigos, são difíceis de testar e confirmar. Métodos para reconstruir genomas ancestrais podem ser testados com dados simulados, que produzem cenários evolutivos completos para comparação. Entretanto, com frequência vemos que as simulações são desenvolvidas para confirmar a validade de um método particular, contrariando a recomendação de testes cegos aos métodos. Uma solução pode ser encontrada em sistemas de vida artificial e em modelos in silico da evolução dos genomas. Aevol, um projeto desenvolvido no grupo de pesquisa Beagle/INRIA, foi projetado para entender os processos da evolução estrutural dos genomas, e é baseado em princípios biológicos mais sofisticados do que a maioria dos simuladores ad hoc. Neste estágio, propomos usar a ferramenta Aevol para gerar dados artificiais, aos quais nós conhecemos a história, a fim de testar métodos de inferência de genomas ancestrais. O projeto Aevol precisa ser adaptado para incluir processos de especiação, além de um procedimento para rastrear e armazenar as histórias dos genes, e possivelmente transferência lateral de genes entre espécies. Vários métodos de reconstrução de ancestrais tem sido desenvolvidos em ambos os grupos, Beagle/INRIA e Unicamp, bem como por outros diversos grupos ao redor do mundo, em todos os casos independentemente da ferramenta Aevol. O estágio consistirá em adaptar a ferramenta Aevol e testar alguns destes métodos, verificando a relevância das hipóteses simplificadas de cada um deles, e comparando a eficiência de diferentes modelos de rearranjo de genomas. (AU) | |
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