Desenvolvimento de um algoritmo para a montagem do genoma poliploide de cana-de-açúcar

• Processo: 14/10948-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: Microsoft Research
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Luiz Fernando Goda Zuleta
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Empresa: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química (IQ)
• Vinculado ao auxílio: 12/51062-3 - Desenvolvimento de um algoritmo para a montagem do genoma poliplóide de cana-de-açúcar, AP.BIOEN.PITE
• Assunto(s): Clonagem Análise de sequência de DNA Extração de DNA Poliploidia Cana-de-açúcar
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Sequenciamento NGS | Sequenciamento e Anotação de BACs

Resumo

Os 700 clones de BACs da variedade SP80-3280 devem ser submetidos a um preparo de alta qualidade de extração de DNA e rendimento. Do mesmo modo, uma planilha contendo a lista de todos os BACs selecionados pelo projeto BioEn deverá estar disponível para o grupo caso haja interesse de uso pelos grupos. A estratégia para garantir a disponibilidade e acesso deve contar com um técnico que ficará dedicado no início do projeto (2 anos) para esta organização. A maioria das metodologias estão em andamento e padronizadas no laboratório porém encontram-se dispersas entre os alunos de doutorado ou pesquisadores em estágio PD. A consolidação em um único pesquisador especialista em Biologia Molecular permitirá ganho de eficiência e agilidade em vários dos processos experimentais. (AU)