Análise do transcriptoma de cana-de-açúcar e de alterações metabólicas ao longo do ciclo de maturação da planta

• Processo: 14/07828-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2014
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Davi Toshio Inada
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Maturação vegetal Genoma Cana-de-Açúcar - SucEST Biologia de sistemas Metaboloma Transcriptoma Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Biologia de sistema | Metaboloma | Transcriptoma | Transcriptoma e metaboloma

Resumo

A cana-de-açúcar possui uma significativa contribuição no contexto da economia brasileira sendo utilizada como fonte alternativa de combustível e para a produção de açúcar, e apresenta grande potencial para superar os desafios relacionados aos combustíveis fósseis. Estudos moleculares foram conduzidos com a cana-de-açúcar até o presente momento; como o sequenciamento de EST's (Etiquetas de Sequencias Expressas) pelo projeto SUCEST. Estudos de expressão gênica e do metaboloma da cana também foram conduzidos no intuito de melhor compreender o processo de acúmulo da sacarose em variadas condições de ambiente. Visando o interesse no melhoramento genético para a produção de novas cultivares, muitos mecanismos ainda necessitam de um maior entendimento. O presente projeto tem como objetivos principais: (I) analisar conjuntamente os dados de transcriptômica e metabolômica obtidos a partir de amostras de cana de uma variedade comercial ao longo de alguns pontos do amadurecimento no ciclo de produção utilizando a plataforma LC-MS; (II) implementar ferramentas de bioinformática para identificação dos metabólitos; (III) implementar ou desenvolver ferramentas de bioinformática para análise de vias alteradas em diferentes tecidos e pontos experimentais e (IV) implementar ou desenvolver ferramentas de bioinformática para a integração dos dados de transcriptoma e metaboloma. Espera-se que uma análise integrada de genes identificados no sequenciamento do genoma da cana, com seus dados de expressão em diversos tecidos da planta e com níveis de metabólitos associados às respectivas vias metabólicas possa auxiliar na definição dos principais alvos ou redes de genes a serem manipulados para o melhoramento da planta, aumento de produtividade e teor de sacarose. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

INADA, Davi Toshio. Análise do Metaboloma da Cana-de-Açúcar ao Longo do Ciclo de Maturação da Planta. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.