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Identificação e caracterização de longos RNAs não-codificadores regulatórios no genoma de Schistosoma mansoni por meio de estratégias NGS e enfoque de sistemas

Processo: 14/24560-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2015
Vigência (Término): 15 de janeiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Sergio Verjovski Almeida
Beneficiário:Elton José Rosas de Vasconcelos
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Schistosoma mansoni   Biologia computacional   Análise de sequência de RNA   RNA longo não codificante

Resumo

Esquistossomas são vermes platelmintos trematódeos causadores de doenças infecto-parasitárias conhecidas como esquistossomoses. São hemoparasitas de ampla distribuição mundial e alta relevância em Saúde Pública e em estudos no campo da Parasitologia Molecular. O genoma de Schistosoma mansoni (agente etiológico no Brasil), que teve seu sequenciamento concluído em 2009, tem tamanho de 363 Mb e possui mais de onze mil genes. De posse destes dados estáticos, lança-se o desafio ainda maior de compreender a dinâmica de mecanismos moleculares responsáveis por características peculiares da biologia do parasita. Eventos pós-transcricionais de controle da expressão gênica, tais como modulação de splicing alternativo de mRNA e silenciamento por RNAi, assim como eventos epigenéticos tais como modificação de histonas, estão presentes em Schistosoma e, como nos demais eucariotos superiores, acredita-se que uma diversidade de RNAs não-codificadores (ncRNAs) regulatórios medeiam tais reações. Estratégias de sequenciamento de nova geração (NGS), como o RNA-Seq, vêm revelando a presença de uma ampla variedade de ncRNAs nos genomas de diversos organismos. Estes ensaios são capazes de gerar um amplo volume de dados propensos a análises computacionais que busquem revelar informações biológicas cruciais a respeito da expressão gênica e sua regulação. A presente proposta consiste na condução de experimentos in silico voltados para a avaliação completa do conteúdo do transcritoma não-codificador para proteínas escondido na grande quantidade de informação obtida por RNA-Seq em Schistosoma. Com isso, além da identificação/corroboração de novos elementos não-codificadores, com ênfase em longos ncRNAs (lncRNAs), a proposta tem como foco principal a associação destes com importantes vias de regulação gênica do parasita, possibilitando uma visão holística de sistemas que fusionará o conteúdo não-codificador com aquilo que é codificado em proteínas e suas respectivas vias regulatórias interligadas. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PEREIRA, ADRIANA S. A.; AMARAL, MURILO S.; VASCONCELOS, ELTON J. R.; PIRES, DAVID S.; ASIF, HUMA; DASILVA, LUCAS F.; MORALES-VICENTE, DAVID A.; CARNEIRO, VITOR C.; ANGELI, CLAUDIA B.; PALMISANO, GIUSEPPE; FANTAPPIE, MARCELO R.; PIERCE, RAYMOND J.; SETUBAL, JOAO C.; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Inhibition of histone methyltransferase EZH2 in Schistosoma mansoni in vitro by GSK343 reduces egg laying and decreases the expression of genes implicated in DNA replication and noncoding RNA metabolism. PLoS Neglected Tropical Diseases, v. 12, n. 10 OCT 2018. Citações Web of Science: 1.
VASCONCELOS, ELTON J. R.; MESEL, VINICIUS C.; DASILVA, LUCAS F.; PIRES, DAVID S.; LAVEZZO, GUILHERME M.; PEREIRA, ADRIANA S. A.; AMARAL, MURILO S.; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Atlas of Schistosoma mansoni long non-coding RNAs and their expression correlation to protein-coding genes. DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION, JUL 9 2018. Citações Web of Science: 0.
VASCONCELOS, ELTON J. R.; DASILVA, LUCAS F.; PIRES, DAVID S.; LAVEZZO, GUILHERME M.; PEREIRA, ADRIANA S. A.; AMARAL, MURILO S.; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. The Schistosoma mansoni genome encodes thousands of long non-coding RNAs predicted to be functional at different parasite life-cycle stages. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, SEP 5 2017. Citações Web of Science: 8.

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