Exploração de uma biblioteca genômica de Passiflora edulis: triagem de BACs e sequenciamento por PacBio

• Processo: 16/00767-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 03 de abril de 2016
• Vigência (Término): 02 de julho de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Beneficiário: Carla de Freitas Munhoz
• Supervisor: Helene Berges
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Local de pesquisa: Institut National de la Recherche Agronomique, Toulouse (INRA), França
• Vinculado à bolsa: 13/11196-3 - Biblioteca genômica de Passiflora edulis f. flavicarpa: exploração por sequenciamento de BAC-ends e sequenciamento de BACs candidatos, BP.PD
• Assunto(s): Passiflora Biologia computacional Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biblioteca de BAC | bioinformática | Genômica | PacBio | Passiflora | Genética Vegetal

Resumo

A família Passifloraceae consiste em cerca de 700 espécies de vinhas herbáceas ou lenhosas, arbustos e árvores, classificadas em aproximadamente 16 gêneros, dos quais a maioria de seus membros pertence ao gênero Passiflora, popularmente conhecidos como maracujás. No Brasil, o maracujá azedo (Passiflora edulis) é uma cultura de considerável importância econômica tanto para produção de suco como para o consumo da fruta fresca. O suco também é usado em misturas concentradas que são consumidas mundialmente. No entanto, pouco é conhecido sobre o genoma do maracujá. Portanto, aprimorar o nosso conhecimento a respeito do genoma do maracujá é muito importante e, em até certo ponto, um pré-requisito para o uso efetivo de seus recursos genéticos. Recentemente, nosso grupo construiu uma biblioteca genômica de grandes insertos para P. edulis em colaboração com o Centro de Recursos Genômicos Vegetais da Franca (CNRGV), pertencente ao INRA. Alguns aspectos dessa biblioteca já foram explorados e publicados e atualmente propomos dar continuidade a esses estudos através do sequenciamento completo de alguns BACs candidatos, p. ex. aqueles ricos em genes. Consequentemente, nós seremos capazes de identificar um grande número de regiões codificadoras de proteínas, sequências candidatas a novos marcadores moleculares e elementos transponíveis, bem como ter um melhor entendimento sobre a organização do genoma de P. edulis. A tecnologia 'Single Molecule Real-Time' (SMRT), implementada pela Pacific Biosciences (PacBio), da terceira geração de sequenciadores, se mostra a estratégia de sequenciamento mais adequada para o sequenciamento de grandes insertos. O serviço é disponível no CNRGV e essa tecnologia tem a vantagem de produzir reads longas (>15 kb) e de alta qualidade, com alta profundidade de sequenciamento e acurácia, facilitando grandemente a montagem dos BACs. Dessa forma, os dados de sequenciamento gerados neste projeto nos permitirão investigar diferentes questões genéticas e genômicas a respeito da espécie. Como também poderão ajudar na montagem e anotação do genoma completo de P. edulis. Além disso, muitos projetos de pesquisa em andamento em diferentes instituições brasileiras se beneficiarão do nosso trabalho.