Melhoramento da reconstrução de rede metabólica de Kalmanozyma brasiliensis e simulações metabólicas associadas

• Processo: 16/13968-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Metabolismo e Bioenergética
• Pesquisador responsável: Gustavo Henrique Goldman
• Beneficiário: Renato Augusto Corrêa dos Santos
• Supervisor: Jason Papin
• Instituição Sede: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Campinas , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Virginia (UVa), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 14/15799-7 - Análise genômica da levedura xilanolítica Pseudozyma brasiliensis, BP.MS
• Assunto(s): Engenharia metabólica Bioetanol Sistemas de computação
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Flux Balance Analysis | Metabolic Network Reconstruction | Reconstrução Metabólica

Resumo

Reconstruções de redes metabólicas em escala genômica têm sido usadas para muitas aplicações, como na condução de engenharia metabólica de microrganismos industrial e biotecnologicamente importantes. Na proposta principal de mestrado, a reconstrução do rascunho das redes metabólicas de Kalmanozyma brasiliensis GHG001 foi proposta, para posterior realização de simulações com objetivo de melhorar vias metabólicas envolvidas na produção de bioetanol de segunda geração. A presente proposta de bolsa estágio no exterior para mestrado (BEPE-MS) no Laboratório de Biologia de Sistemas Computacional, Universidade de Virginia, supervisionado pelo Dr. Jason Papin, tem como objetivos: i) melhorar a reconstrução de redes metabólicas de K. brasiliensis GHG001, ii) iniciar simulações como de Análise de Balanço de Fluxo (FBA) e iii) aprender boas práticas em reconstrução de modelos metabólicos e simulações. O melhoramento do modelo metabólico de K. brasiliensis será realizado através da interação com o grupo de pesquisa e aplicação de métodos comparativos que sejam independentes de dados experimentais. Adicionalmente, o networking com os estudantes no grupo de pesquisa permitirá realizar o uso de modelos metabólicos já bem estabelecidos de Saccharomyces cerevisiae para iniciar simulações in silico, a serem aplicadas no futuro em outros projetos que o aluno estiver envolvido. (AU)