Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose

• Processo: 17/12942-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2017
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Medicina Veterinária Preventiva
• Pesquisador responsável: Renato Pariz Maluta
• Beneficiário: Renato Pariz Maluta
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/17421-7 - Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose, AP.JP
• Assunto(s): Metagenômica Microbiota Sequenciamento de nova geração Escherichia coli patogênica aviária Epidemiologia molecular Escherichia coli Microbiologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Apec | Epidemiologia Molecular | Escherichia coli | metagenômica | Microbioma | Ngs | Microbiologia

Resumo

O trato respiratório é um reservatório para vários microrganismos. A presença de doenças nos pulmões altera as condições necessárias para o crescimento microbiano no trato respiratório. Portanto, doenças no trato respiratório podem alterar a composição da microbiota residente. A associação entre alterações na microbiota e doenças é conhecida. Em aves, por exemplo, a infecção pelo vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV) facilita a colonização e produção de doenças por Escherichia coli (colibacilose). As linhagens de E. coli associadas à colibacilose são conhecidas como APEC (Avian Pathogenic E. coli). Embora existam trabalhos prévios relatando os constituintes da microbiota intestinal de aves, pouco se conhece a respeito da microbiota do trato respiratório. O presente trabalho tem como objetivo determinar a microbiota do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose. A microbiota será determinada usando sequenciamento de nova geração (NGS). As unidades taxonômicas operacionais (OTUs), presentes nas duas populações serão comparados. Dessa forma, os OTUs associados a cada população serão identificados. Adicionalmente, os genomas das linhagens APECs serão sequenciados e anotados. Este trabalho pode mostrar quais microrganismos estão associados ao microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves com colibacilose. Outro aspecto do trabalho é o sequenciamento de genomas de APEC e comparação com genomas de E. coli comensais.