Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose

• Processo: 16/17421-7
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
• Vigência: 01 de julho de 2017 - 30 de junho de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Medicina Veterinária Preventiva
• Pesquisador responsável: Renato Pariz Maluta
• Beneficiário: Renato Pariz Maluta
• Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
• Pesq. associados: Wanderley Dias da Silveira
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/21904-6 - Comparação entre genomas de APEC e genomas de cepas comensais de Escherichia coli, BP.MS; 17/22288-7 - Comparação entre a microbioma intestinal de peixes sadios e peixes infectados experimentalmente com Streptococcus agalactiae, BP.MS; 17/15630-0 - Diagnóstico de colibacilose em aves, BP.IC; 17/12942-1 - Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose, BP.JP
• Assunto(s): Metagenômica Epidemiologia molecular Escherichia coli Microbiologia Colibacilose animal

Resumo

O trato respiratório é um reservatório para vários microrganismos. A presença de doenças nos pulmões altera as condições necessárias para o crescimento microbiano no trato respiratório. Portanto, doenças no trato respiratório podem alterar a composição da microbiota residente. A associação entre alterações na microbiota e doenças é conhecida. Em aves, por exemplo, a infecção pelo vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV) facilita a colonização e produção de doenças por Escherichia coli (colibacilose). As linhagens de E. coli associadas à colibacilose são conhecidas como APEC (Avian Pathogenic E. coli). Embora existam trabalhos prévios relatando os constituintes da microbiota intestinal de aves, pouco se conhece a respeito da microbiota do trato respiratório. O presente trabalho tem como objetivo determinar a microbiota do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose. A microbiota será determinada usando sequenciamento de nova geração (NGS). As unidades taxonômicas operacionais (OTUs), presentes nas duas populações serão comparados. Dessa forma, os OTUs associados a cada população serão identificados. Adicionalmente, os genomas das linhagens APECs serão sequenciados e anotados. Este trabalho pode mostrar quais microrganismos estão associados ao microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves com colibacilose. Outro aspecto do trabalho é o sequenciamento de genomas de APEC e comparação com genomas de E. coli comensais. (AU)