Análise de modelos computacionais baseados em position weight matrix para a caracterização de fatores de transcrição em Drosophila melanogaster

• Processo: 18/07388-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Luiz Paulo Moura Andrioli
• Beneficiário: Lauro Hiroshi Pimentel Masuda
• Instituição Sede: Escola de Artes, Ciências e Humanidades (EACH). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Expressão gênica Diferenciação celular Fatores de transcrição Drosophila melanogaster
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Drosophila | Especificação | expressão gênica | formação do corpo | segmentação | transcrição diferencial | bioinformática

Resumo

A diferenciação celular depende da transcrição diferencial de genes. No entanto, muitas questões fundamentais envolvendo o controle da transcrição perduram, por exemplo, quais propriedades determinam a interação entre fatores de transcrição e os respectivos sítios de DNA in vivo? Ou, de que forma ocorre a interação entre fatores ativadores e repressores da transcrição nas regiões reguladoras dos genes? Estas questões nosso grupo de pesquisa investiga no laboratório utilizando a cascata de segmentação que opera no início do desenvolvimento embrionário da Drosophila melanogaster como modelo de estudos. Neste projeto propomos investigar a atuação do fator de transcrição Tailless (Tll). Dados do laboratório apontam múltiplos alvos de Tll entre genes pair-rule e gap, até então insuspeitos. Exploraremos o fato de dados bioquímicos de genômica estarem disponíveis para Tll e cruzaremos esses dados com dados de genética do laboratório. Também analisaremos as diferentes PWMs existentes para Tll e compilaremos os dados mais significativos para uma nova PWM. Nosso objetivo é investigar se há uma interação direta entre Tll e regiões reguladoras alvo além de prever possíveis sítios ligadores com o máximo de acurácia. Esse estudo será um protocolo pioneiro que pretendemos estabelecer para investigar outros genes da segmentação e contribuir para o entendimento da especificação da região anterior do embrião de Drosophila, precursora da futura cabeça, assim como gerar modelos/hipóteses da rede de regulação gênica local. (AU)