Investigação e identificação de potenciais biomarcadores para características indicadoras de resistência a parasitas gastrintestinais em ovinos da raça Santa Inês

• Processo: 18/25247-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 15 de abril de 2019
• Data de Término da vigência: 26 de março de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Fernando Sebastián Baldi Rey
• Beneficiário: Mariana Piatto Berton
• Supervisor: Flavio Schramm Schenkel
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Guelph, Canadá
• Vinculado à bolsa: 17/10493-5 - Estudo de associação genômica em resistência à parasitas gastrointestinais em ovinos Santa Inês utilizando SNPs e CNVs, BP.PD
• Assunto(s): Genômica Meta-análise Inferência bayesiana Biologia de sistemas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bayesian network | parasites resistance | System Biology | genômica e meta analises

Resumo

Os dados ômicos em grande escala fornecem grande oportunidade para a compreensão biológica, no entanto, o desafio nos estudos ômicos consiste em combinar os achados do GWAS com dados moleculares para caracterizar as associações. Este estudo teve como objetivo avaliar os diferentes efeitos de abordagens para identificação de parasitas resistentes por meio de meta-análise, bem como identificar genes candidatos integrados e vias metabólicas relacionadas às características estudadas, por meio de abordagens em rede. Os dados fenotípicos e genotípicos foram coletados em estudo anterior (FAPESP 2014 / 07566-2). Os genótipos e registros fenotípicos pertencem à Associação Estadual de Cabritos e Ovinos do Estado de Sergipe (ASCCO) e serão utilizados pelo Programa de Avaliação Genética Animal da ASCCO / USP, liderado pelo Grupo de Melhoramento Animal e Biotecnologia da FZEA-USP. Pirassununga. Os haplótipos serão construídos através do software FIMPUTE. Uma identificação descritiva das execuções de ilhas de homozigose será identificada para cada indivíduo. O conjunto de dados de regiões genômicas identificadas a partir de diferentes métodos para resistência a parasitas será construído a partir de publicações/artigos independentes relacionados às características em estudo. Os dados do gene serão coletados a partir das regiões QTL identificadas com base nos locais de flanqueamento e de pico. A localização genômica dos marcadores será determinada pela busca no banco de dados do NCBI UniSTS. Para comparar os dados de QTL e expressão gênica, os caminhos serão identificados através da análise de cada tipo de dado e, então, serão comparados para determinar o conjunto comum de caminhos através da análise de rede bayesiana.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BERTON, MARIANA PIATTO; DA SILVA, ROSIANE PEREIRA; BANCHERO, GEORGGET; MOURAO, GERSON BARRETO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; BALDI, FERNANDO. Genomic integration to identify molecular biomarkers associated with indicator traits of gastrointestinal nematode resistance in sheep. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. N/A, p. 15-pg., 2022-05-09. (18/25247-2)