Desvendando o papel dos vírus na evolução de rizobactérias benéficas e patogênicas

• Processo: 18/19247-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2019
• Data de Término da vigência: 23 de fevereiro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Lucas Palma Perez Braga
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 19/24097-0 - Triagem de assinaturas ecogenômicas de interação fago-bactéria em microbiomas naturais expostos a perturbações ambientais, BE.EP.PD
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bacteriophages | ecogenomics | genetic symbionts | plant beneficial bacteria | plant pathogenic bacteria | rhizosphere metagenomics | Eco-genômica e bioquímica de vírus e bactérias de solo em ambiente agrícola

Resumo

Boa parte das rizobactérias patogênicas ou benéficas são bem caracterizadas na literatura. Sabemos quem elas são e o que fazem. Porém, não sabemos porque e como estas características evoluem. Virus que infectam bactérias (fagos) alteram processos fisiológicos importantes de seus hospedeiros. Evidências genômicas mostram que profagos podem contribuir para a evolução de virulência. Boa parte das toxinas são produzidas por regiões genômicas associadas à profagos. Genes relacionados à sistemas secretores são derivados de fagos. Funções benéficas para plantas também podem estar relacionadas com profagos. Desta forma, este projeto de pesquisa tem o objetivo de unir métodos avançados de microbiologia molecular e computacional, incluindo experimentos robustos e aplicação de aprendizagem de máquinas, para analisar genomas recuperados de metagenomas e genomas em bancos de públicos, para identificar padrões de interação fago-bactéria derivados de processos ecológicos em genomas de rizobactérias. Este estudo visa gerar conhecimento para contribuir com a otimização do uso de recursos microbianos em sistemas agrícolas, especialmente em relação ao favorecimento de características benéficas e a prevenção da evolução de características patogênicas em rizobactérias.

Publicações científicas

(7)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BRAGA, LUCAS P. P.; COUTINHO, FELIPE H.; AMGARTEN, DEYVID E.; KOT, WITOLD; HANSEN, LARS; SETUBAL, JOAO C.; PHILIPPOT, LAURENT. Novel virocell metabolic potential revealed in agricultural soils by virus-enriched soil metagenome analysis. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, v. 13, n. 3, p. 348-354, JUN 2021. (18/19247-0, 19/24097-0)

BRAGA, LUCAS P. P.; SPOR, AYME; KOT, WITOLD; BREUIL, MARIE-CHRISTINE; HANSEN, LARS H.; SETUBAL, JOAO C.; PHILIPPOT, LAURENT. Impact of phages on soil bacterial communities and nitrogen availability under different assembly scenarios. MICROBIOME, v. 8, n. 1, APR 6 2020. (18/19247-0)

PEREZ BRAGA, LUCAS PALMA; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO; MARTINS, LAYLA FARAGE; SILVA MOURA, LIVIA MARIA; SANCHEZ, FABIO BELTRAME; LEISTER PATANE, JOSE SALVATORE; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS. Genome-resolved metagenome and metatranscriptome analyses of thermophilic composting reveal key bacterial players and their metabolic interactions. BMC Genomics, v. 22, n. 1, SEP 10 2021. (11/50870-6, 18/19247-0)

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