Implementação, avaliação e aplicação do uso de dados de espectrometria de massas na modelagem de estrutura de proteínas

• Processo: 19/07961-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2019
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Fabio Cesar Gozzo
• Beneficiário: Amanda Miquilini Cordibello Marques
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/17264-3 - Novas fronteiras em proteômica estrutural: caracterizando estruturas de proteínas e complexos proteicos por espectrometria de massas, AP.TEM
• Assunto(s): Espectrometria de massas Elementos estruturais de proteínas Caracterização estrutural Proteômica Modelagem
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Espectrometria de massas | estrutura de proteínas | Modelagem | Modelagem de proteínas

Resumo

O uso de dados de espectrometria de massas na caracterização estrutural de proteínas é muito atraente devido às características atraentes da técnica, como alta sensibilidade, velocidade de análise e, principalmente, sua universalidade de aplicação. Apesar do sucesso da aplicação da técnica de ligação cruzada (cross-linking)/espectrometria de massas (XLMS) na elucidação da estrutura de complexos proteína-proteína, não há ainda uma forma efetiva de se utilizar esses dados na caracterização estrutural de proteínas. Recentemente, nosso grupo apresentou a primeira metodologia efetiva do uso de dados de XLMS na modelagem de estrutura terciária de proteínas, chamado cross-linking force field (XLFF). Recentemente também, estabelecemos uma colaboração com o grupo de pesquisa do Prof. Frank Dimaio (Univ. Washington) para a integração do XLFF em um novo protocolo de modelagem chamado Hybridize, baseado no Rosetta CM (Comparative Modeling) de proteínas que mostrou excelentes resultados iniciais. Dentro deste contexto, este projeto visa elaborar um protocolo ainda mais efetivo usando Hybridize junto com o potencial XLFF, caminhando assim para um protocolo efetivo de uso de dados experimentais baseados em XLMS na modelagem de proteínas. Esse projeto se insere dentro do projeto temático "Novas fronteiras em proteômica estrutural: caracterizando estruturas de proteínas e complexos proteicos por espectrometria de massas", contemplando ainda um dos principais objetivos do projeto que é o "desenvolvimento de metodologias de modelagem baseadas em dados experimentais de espectrometria de massas". (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

MARQUES, Amanda Miquilini Cordibello. Aplicação de dados de espectrometria de massas na modelagem de estrutura de proteínas. 2021. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química Campinas, SP.