Análise genômica de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistente contra Aeromonas hydrophila por denso painel de SNP usando ddRADseq

• Processo: 20/04436-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2020
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
• Acordo de Cooperação: Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT)
• Pesquisador responsável: Diogo Teruo Hashimoto
• Beneficiário: Yasmim Garcia
• Instituição Sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/08416-5 - Estudo de associação genômica ampla de baixo custo e predições genômicas para resistência a Aeromonas hydrophila em pacu (Piaractus mesopotamicus), AP.R
• Assunto(s): Produção animal Segurança alimentar Melhoramento genético animal Peixes Piaractus mesopotamicus Pacu Técnicas de genotipagem
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Aquicultura | melhoramento | Peixes | Genética de peixes

Resumo

A espécie Piaractus mesopotamicus (pacu) representa um dos principais peixes candidatos para melhoramento genético, especialmente devido à sua aceitação no mercado (nacional e internacional). Aeromonas hydrophila é uma bactéria gram-negativa considerada nociva para a saúde humana e para peixes de ambientes de água doce. No Brasil, a aeromoniose provoca altas taxas de mortalidade em várias espécies de peixes, incluindo o pacu. Portanto, a seleção de genótipos superiores para resistência a doenças é uma abordagem fundamental para maximizar a produção no contexto da sustentabilidade ambiental e segurança alimentar. O objetivo deste projeto é desenvolver um painel SNP de alta densidade usando a abordagem de genotipagem por sequenciamento (GBS) nos parentais e uma proporção da progênie, do programa de melhoramento do Caunesp. Esta população do melhoramento foi estabelecida em 2017 (projeto FAPESP 2016/21011-9). Serão extraídos o DNA de aproximadamente 350 amostras e, em seguida, serão criadas 10 bibliotecas de ddRADseq. Todo o material será sequenciado por NGS, na plataforma Illumina Hiseq. As análises de bioinformática compreenderão a formação do catálogo de RAD-tags e consequente etapas de filtros para obtenção de SNPs (MAF, HWE e call rate). O resultado esperado do projeto é auxiliar na seleção de genótipos superiores para aumentar a produtividade, o que contribuirá diretamente para a segurança alimentar da América do Sul, fornecendo peixe de qualidade economicamente acessível para a população, juntamente com o desenvolvimento sustentável da atividade. Além disso, os resultados deste projeto contribuirão na redução do uso descontrolado de antibióticos e na diminuição da ocorrência de surtos de A. hydrohila em empreendimentos de aquicultura, uma vez que é uma bactéria de especial preocupação para a saúde humana.