Desenvolvimento de um pipeline analítico para análises bioinformáticas de genômica comparativa

• Processo: 21/03325-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2021
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Mariana Freitas Nery
• Beneficiário: Agnello César Rios Picorelli
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/18269-1 - Usando genômica comparativa para entender a evolução convergente de mamíferos: em busca das pegadas moleculares da ocupação do ambiente marinho e fluvial, AP.JP
• Assunto(s): Evolução animal Evolução molecular Fenótipo Genomas Cetacea Mamíferos Golfinhos Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cetáceos | Evolução | Genômica | genômica comparada | Mamíferos | Evolução molecular

Resumo

Com o advento dos métodos de sequenciamento massivo e a recente acessibilidade a esses métodos, surgem novas oportunidades de pesquisas que permitirão significativo progresso no nosso conhecimento sobre as bases genômicas da diversidade fenotípica. A disponibilidade de novos genomas também permite que organismos não-modelo emerjam como grupos com alto potencial para responder perguntas sobre a natureza do processo evolutivo. Entre os organismos não-modelo, os mamíferos aquáticos chamam especial atenção pela radical transformação em quase todos seus sistemas ao longo de suas histórias evolutivas e pela notável convergência genotípica que se pode observar entre as linhagens que - de maneira independente - colonizaram o ambiente aquático. Nesse contexto, o projeto Jovem Pesquisador (2015/18269-1) tem como principal objetivo o estudo da evolução molecular das seguintes espécies: o golfinho marinho Sotalia guianensis, o golfinho fluvial amazônico Sotalia fluviatilis, o peixe-boi marinho Trichechus manatus e o peixe-boi fluvial amazônico Trichechus inunguis. Os genomas dessas quatro espécies foram sequenciados e estão sendo submetidos à duas principais estratégias de estudo: (I) análises dos genomas das espécies irmãs, com foco em perguntas relacionadas ao processo de especiação, e (II) comparação entre os genomas de espécies de linhagens independentes que ocupam o mesmo ambiente (marinho ou fluvial) com o fim deinvestigar a existência de convergência molecular por trás de fenótipos convergentes relacionados ao habitat em comum. O grande volume de dados produzidos pelo sequenciamento dos genomas mencionados acima, requer extenso trabalho bioinformático para sua organização, armazenamento, compartilhamento e análises. Este trabalho intenso e minucioso de bioinformática envolve métodos e conhecimentos de Tecnologia da Informação (TI), que muitas vezes fogem do escopo de formação dos biólogos. Este projeto se insere nesse contexto, e tem como objetivo o manejo e organização adequados dos dados genômicos e o desenvolvimento de um pipeline analítico que centralize as análises dos genomas, de modo a acelerar a produção do conhecimento. Além disso, o compartilhamento dos dados gerados com o sequenciamento dos genomas - que é parte importante na disseminação desse conhecimento - também faz parte desse projeto.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MARIANA F. NERY; MATHIAS RENNÓ; AGNELLO PICORELLI; ELISA RAMOS. A phylogenetic review of cancer resistance highlights evolutionary solutions to Peto’s Paradox. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 45, n. 3, 2022-12-05. (15/18269-1, 18/01236-1, 21/03325-4)

NERY, MARIANA F.; RENNO, MATHIAS; PICORELLI, AGNELLO; RAMOS, ELISA. A phylogenetic review of cancer resistance highlights evolutionary solutions to Peto's Paradox. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 45, n. 3, p. 10-pg., 2022-01-01. (18/01236-1, 21/03325-4, 15/18269-1)