Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para integração de dados na plataforma SUCEST-FUN

• Processo: 21/09063-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2021
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2022
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Aureliano Coelho Proença Guedes
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/50921-8 - Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Banco de dados Biologia computacional Cana-de-açúcar Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Banco de dados | bioinformática | cana-de-açúcar | Genômica | Bioinformática

Resumo

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise do imenso volume de dados gerados. O laboratório de Transdução de Sinal do Instituto de Química da USP contribui para a Biologia de Sistemas da cana-de-açúcar e para isso analisa e disponibiliza resultados obtidos no sequenciamento do genoma, análise do transcriptoma e metaboloma dessa gramínea. Além da utilização de ferramentas e disponibilização para uso público e de colaboradores, é previsto o desenvolvimento de novas ferramentas para a análise e integração dos dados ômicos obtidos ao longo do projeto e que estão armazenados em um banco de dados (SUCEST-FUN DB) e que pode ser acessado por meio de uma ferramenta web desenvolvida pelo laboratório (http://sucest-fun.org/wsapp). Essa ferramenta tem o front-end desenvolvido em linguagem Java, com uma variedade de ferramentas integrativas para dados de expressão gênica por microarranjo. Diversas ferramentas estão integradas a scripts desenvolvidos nas linguagens Perl e R para realizar análises dos dados em background e inserção dos resultados no banco de dados MySQL. Adicionalmente, novos programas e abordagens precisam ser desenvolvidas para processamento, e análise dos dados provenientes dos estudos na bancada, e por novas tecnologias produzindo grandes volumes de dados como RNA-seq, Proteômica e Metabolômica. E entre essas análises, estão os estudos relacionados com a integração dos dados ômicos de larga escala. Esses novos desenvolvimentos exigem uma evolução do banco de dados e das ferramentas atuais, e principalmente incorporar e proporcionar aos usuários análises por meio de ferramentas já existentes e robustas, desenvolvidas por terceiros como o MOFA e o iOMICSPASS, além de outras específicas que precisarão ser desenvolvidas pelo grupo, disponíveis assim na plataforma SUCEST-FUN