Desenvolvimento de um teste baseado em metagenômica rápida, econômica e sensível para o diagnóstico e vigilância de vírus associados à Encefalite/Meningite

• Processo: 21/11827-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2021
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Acordo de Cooperação: MRC, UKRI ; Newton Fund, com FAPESP como instituição parceira no Brasil
• Pesquisador responsável: Ester Cerdeira Sabino
• Beneficiário: Mohd Jaseem Khan
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/14389-0 - Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (CADDE), AP.TEM
• Assunto(s): Biologia molecular Metagenômica Diagnóstico Encefalite Meningite Infecções por Arbovirus Líquido céfalorraquidiano
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: and diagnostics | Chikv | Cmv | Denv | encephalitis | Ev | genomic surveillance | HPeV | Hsv-1 | Hsv-2 | Hsv-6 | Ilhv | meningitis | Metagenomics | Orov | Oxford Nanopore sequencing | Rocv | Slev | Tucv | Veev | Vzv | Wnv | Zakv | Biologia molecular

Resumo

Infecções virais do tecido cerebral (Encefalite) e inflamação de meninges (Meningite) são processos do sistema nervoso central CNS) que podem resultar em morbidade e mortalidade significativas e vários vírus podem estar envolvidos. Desde então, quase 70% dos casos de encefalite viral ficam sem um agente etiológico identificado. Os vírus transmitidos por artrópodes (Arbovirose) apresentam um sério desafio à saúde pública e animal e a um dos mais importantes agentes emergentes e ressurgintes quase em todo o mundo. Vários fatores, como aumento de viagens, comércio, urbanização, mudanças climáticas e desmatamentos estão alimentando surtos locais e disseminação global. No Brasil, a ameaça de arboviroses associada à encefalite/transmissão congênita ou intrauterina nesse ambiente continua a surgir. Especialmente, Vírus Chikungunya (CHIKV), Vírus da Dengue (DENV), Vírus do Nilo Ocidental (WNV) e Zika Vírus (ZIKAV). Alguns surgimentos de patógenos novos ou inesperados não visados por diagnósticos de rotina [por exemplo; Vírus Ilhéus (ILHV), Vírus Oropouche (OROV), Vírus Rocio (ROCV), Vírus de Encefalite de St. Louis (SLEV), Vírus Tucunduba (TUCV,) Vírus da Encefalite Equina Venezuelana (VEEV)]. Outros vírus não arbovirais que causam Encefalite são o Vírus Herpes Simplex (HSV), Varicella-Zoster (VZV) Enterovírus (EV), Parechovírus Humano (HPeV) e CytomegaloVirus (CMV) no Brasil. Estes vírus requerem atenção especial para confirmar. Uma barreira significativa para evitar que surtos locais se tornem epidemias é detectar casos precocemente o suficiente para intervenções eficazes. As principais causas de lacunas prolongadas de vigilância que permitem a disseminação de surtos locais estão relacionadas a desafios durante diagnósticos clínicos primários. Atualmente, o PCR em tempo real considerado o teste padrão-ouro para confirmar a infecção com agentes virais. No entanto, esses dispositivos são caros para serem executados, e exigem pessoal especializado para detectar vírus em um local de surto, desde 2014, devido às crises econômicas e políticas que começaram no Brasil, que afeta diretamente os sistemas de saúde, reduzindo os recursos para os serviços de saúde e aumentando a demanda por programas de proteção social. Para resolver isso, é urgente desenvolver um método alternativo para trazer o teste de diagnóstico que automatizará totalmente e poderá descobrir agentes virais múltiplos silenciosos de uma única amostra clínica em menos de uma hora. Neste estudo, desenvolveremos um painel rápido, econômico e sensível baseado em tecnica de sequenciamento por minion com primers especificos para a detecção de vírus de Encefalite/Meningite a partir de fluidos Cerebrospinais Humanos (CSF) ou outras amostras de fluidos corporais. (AU)