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Generalizações de problemas envolvendo partição de strings

Processo: 21/13824-8
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de junho de 2022
Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2026
Área de conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Pesquisador responsável:Zanoni Dias
Beneficiário:Gabriel Henriques Siqueira
Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/11937-9 - Investigação de problemas difíceis do ponto de vista algorítmico e estrutural, AP.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):22/13555-0 - Distância de rearranjo em genomas não balanceados considerando regiões intergênicas, BE.EP.DR
Assunto(s):Algoritmos de aproximação   Análise de algoritmos
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Algoritmos de Aproximação | partição de strings | Reversão | Transposição | Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação

Resumo

O problema de partição comum mínima de strings é um problema de otimização combinatória com grande relevância tanto pelo seu aspecto teórico quanto prático. Esse problema tem como objetivo encontrar o número mínimo de substrings necessárias para formar duas strings distintas dadas como entrada, mudando apenas a ordem em que as substrings são concatenadas. Várias relações foram estabelecidas entre suas variações e problemas de rearranjo de genomas, os quais são importantes para comparação genômica. Em estudos mais recentes, os problemas de rearranjo vêm incorporando informações sobre as regiões intergênicas, o que motiva a incorporação dessas estruturas também nos problemas de partição. Além disso, a maior parte dos resultados conhecidos para os problemas de partição assumem que as duas strings consideradas no problema são formadas pelos mesmos caracteres, mas existe uma versão mais geral do problema que permite strings com um conjunto distinto de caracteres, ou seja, onde existem caracteres presentes em apenas uma das strings. O objetivo deste trabalho é estudar variações do problema de partição comum mínima de strings, incluindo generalização que envolvem a adição de informação sobre as regiões intergênicas e a presença de caracteres em apenas uma das strings. (AU)

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Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SIQUEIRA, GABRIEL; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; JEAN, GERALDINE; FERTIN, GUILLAUME; DIAS, ZANONI. Approximating Rearrangement Distances with Replicas and Flexible Intergenic Regions. BIOINFORMATICS RESEARCH AND APPLICATIONS, ISBRA 2023, v. 14248, p. 14-pg., . (13/08293-7, 21/13824-8, 22/13555-0)
SIQUEIRA, GABRIEL; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; JEAN, GERALDINE; FERTIN, GUILLAUME; DIAS, ZANONI. Assignment of orthologous genes in unbalanced genomes using cycle packing of adjacency graphs. Journal of Heuristics, v. 30, n. 5-6, p. 21-pg., . (21/13824-8, 13/08293-7, 15/11937-9, 22/13555-0)
SIQUEIRA, GABRIEL; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; DIAS, ZANONI. Signed rearrangement distances considering repeated genes, intergenic regions, and indels. JOURNAL OF COMBINATORIAL OPTIMIZATION, v. 46, n. 2, p. 36-pg., . (21/13824-8, 13/08293-7, 17/12646-3, 15/11937-9)
ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; SIQUEIRA, GABRIEL; BRITO, KLAIRTON LIMA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. Block Interchange and Reversal Distance on Unbalanced Genomes. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, BSB 2023, v. 13954, p. 13-pg., . (15/11937-9, 21/13824-8, 13/08293-7, 22/13555-0, 19/27331-3)