Anotação genômica e perfil de expressão de genes de resposta à seca em acanthostachys pitcairnioides

• Processo: 22/08869-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Marília Gaspar Maïs
• Beneficiário: Fabrício Zara Frizo
• Instituição Sede: Instituto de Pesquisas Ambientais (IPA). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/50341-0 - Desafios para conservação da biodiversidade frente às mudanças climáticas, poluição e uso e ocupação do solo (PDIp), AP.PDIP
• Assunto(s): Bibliotecas Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bibliotecas | RNAseq | sequenciamento | Biologia Molecular

Resumo

O gênero Acanthostachys (Bromeliaceae) é monofilético e compreende apenas três espécies, A. pitcairnioides, A. strobilacea e A. calcicola. Plantas adultas dessas espécies suportam condições adversas devido a presença de adaptações à seca como suculência, tricomas foliares absortivos e metabolismo CAM. A. pitcairnioides é endêmica do Brasil e ocorre em áreas de Mata Atlântica, tendo sido considerada "Vulnerável" (VU) na Lista vermelha da flora do Espírito Santo e "Deficiente de dados" (DD) na Lista Vermelha do CNCFlora. Experimento recente com plantas de A. pitcairnioides mostrou alta tolerância da espécie à suspensão de rega por períodos longos, de 40 a 90 dias, com acúmulo de pigmentos e manutenção do potencial osmótico praticamente inalterado. A. pitcairnioides teve seu genoma recentemente sequenciado no contexto do projeto PDIP-IBt, utilizando a tecnologia de leituras longas e alta acurácia (HiFi). A. pticairnioides apresenta baixa heterozigozidade e cerca de 25% de fragmentos repetidos ao longo de seu genoma, além de grande colinearidade com o genoma de Ananas comosus (abacaxi), com mais de 85% de genes ortólogos. Foram identificados cerca de 27.000 genes preditos, número próximo ao encontrado no genoma do abacaxi. Este projeto objetiva a extração de RNA e preparo de bibliotecas a partir de material proveniente de experimento de suspensão de rega de A. pticairnioides, visando o sequenciamento de RNA (análise transcritômica), que permitirá identificar os genes responsivos à seca, além de fornecer dados para anotação do genoma da espécie em projeto correlato (PD Camilla Alves Santos, bolsita PDIP-IBt (FAPESP 2020/11908-7).(AU)