Análise de transcriptoma de camundongos transgênico de SMD utilizando RNA-Seq para investigar o perfil de vias de sinalização alteradas pela ação de compostos polifenóicos

• Processo: 24/12896-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Vigência (Início): 01 de setembro de 2024
• Vigência (Término): 31 de março de 2025
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Sara Teresinha Olalla Saad
• Beneficiário: Jersey Heitor da Silva Maués
• Instituição Sede: Centro de Hematologia e Hemoterapia (HEMOCENTRO). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/21801-2 - Preditores de gravidade e novos tratamentos para neoplasias da medula óssea, AP.TEM
• Assunto(s): Transcriptoma Transdução de sinais
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: compostos polifenóicos | Smd | Transcriptoma | vias de sinalização | Bioinformática e Biologia Computacional

Resumo

Conforme aprovado pela FAPESP o aditivo para análise de transcriptoma de camundongos transgênico de SMD, no último ano finalizamos o tratamento dos animais. Foram 3 animais tratados com veículo dos compostos e outros 3 tratados com os seguintes compostos: quercetina, ácido gálico, (-)-epigalocatequina-3-galato e artesunato. A obtenção do material foi retirado das células da medula óssea e baço dos animais e, posteriormente, foram isoladas por maceração e lisadas com solução tampão de lise, seguida por lavagem com PBS e armazenadas com reagente TRIzol (Thermo Fisher Scientific). A extração do RNA foi feita com o RNeasy Mini Kit (Qiagen), quantificada com Qubit Fluorometer (Thermo Fisher Scientific) e qualidade foi confirmada usando o Bioanalyzer 2100 System (Agilent Technologies). A montagem das bibliotecas de sequenciamento foi feita com o kit Illumina Stranded mRNA Prep (Illumina, Inc). As bibliotecas preparadas foram agrupadas e sequenciadas, usando o sequenciador NovaSeq S1 (Illumina, Inc) de 200 ciclos, com um comprimento de leitura pareado de 2 × 100 pb e uma profundidade de leitura média de 25 milhões de pares de leitura por biblioteca. Todas as amostras foram sequenciadas em triplicatas pelo Centro de Estudos do Genoma Humano e Células Tronco - CEGH-CEL/USP São Paulo.E deste modo, a partir deste mês estamos realizando a análise dos dados gerados pelo RNA-Seq, cujas estratégias estão sendo conduzidas utilizando pipelines de bioinformática para identificação de genes diferencialmente expressos em redes de interação (interatoma) e, posteriomente, anotação destes em categorias funcionais de gene ontologia. As etapas seguintes serão realizadas para anotação das vias de sinalização que serão construídas com ferramentas de bioinformática, conforme o perfil de expressão dos genes identificados em cada condição de tratamento.Dando continuidade ao projeto, o bolsista atuará nas análises genômicas de neoplasias mielóides de pacientes tratados no HC do Hemocentro da Unicamp. Nesse contexto, é fundamental na equipe, um profissional especializado em ômicas para atuar na condução e interpretação das análises genômicas, além da solução de problemáticas biológicas de alta complexidade. O bolsista aplicará o seu conhecimento utilizando pipelines de bioinformática desenvolvidas para genômicas, conforme o aumento da complexidade de casos, tem-se customizados o desenvolvimento de análises em R para obter resultados com eficiência e rapidez dos resutados para discussão com médicos hematologistas.