Análise integrativa de transcriptômica e epigenômica de embriões bovinos modulados metabolicamente: uma abordagem de bioinformática ligando Cut&Tag e RNA qeq

• Processo: 22/14472-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2023
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Marcella Pecora Milazzotto
• Beneficiário: Aldcejam Martins da Fonseca Junior
• Supervisor: Haja Kadarmideen
• Instituição Sede: Centro de Ciências Naturais e Humanas (CCNH). Universidade Federal do ABC (UFABC). Ministério da Educação (Brasil). Santo André , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Technical University of Denmark (DTU), Dinamarca
• Vinculado à bolsa: 19/22025-1 - Modulação da via glicolítica em embriões bovinos produzidos in vitro: impactos na acetilação de histonas sob a ótica metaboloepigenética, BP.DR
• Assunto(s): Biologia computacional Epigenômica Análise de sequência de RNA Embrião de animal
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformatics | bovine embryo | Cut&Tag | Epigenetics | Metabolic modulation | RNA-seq | Bioinformática/ Metaboloepigenética

Resumo

A reprogramação epigenética que ocorre durante os primeiros estágios do desenvolvimento embrionário tem sido descrito como crucial para os eventos iniciais de especificação e diferenciação. Recentemente, o estado metabólico do embrião ganhou atenção como um dos principais fatores que coordenam os eventos epigenéticos. Para este presente proposta, partimos de resultados anteriores com a hipótese de que omodulação da via glicolítica em embriões bovinos produzidos in vitro pode levar a diferentes perfis de geração de acetil-CoA, interferindo no padrão de acetilação de histonas, alterando assim seu perfil metabólico e potência das células do blastocisto. Para isso, foi propostos para promover a modulação da via glicolítica em embriões bovinos PIV comum inibidor da enzima G3PD, bem como um inibidor da fosforilação da enzima PDH, desde o momento da maior ativação do genoma embrionário. Sequenciamento de RNA e CUT&Tag (Clivagem Sob Alvos e Tagmentação) do estado da cromatina relacionado aA acetilação H3K27 desses embriões foi realizada e o desafio é integrar ageraram dados transcriptômicos e epigenômicos em resultados compreensíveis. Assim, nós propor uma abordagem exploratória e direcionada para análise estatística e bioinformática de ligação absoluta e diferencial para tipos de dados RNA-seq e Cut&Tag e gerar resumos visuais em vários formatos. A integração de dados será realizada com Rplataforma de software e aprendizado de máquina serão aplicados para resultados de validação, bem como para expressão de previsão e parâmetros externos. (AU)