Exosítios de proteínas,sítios crípticos e moonlighting: identificação, mapeamento funcional e efeitos de alteração estrutural

• Processo: 23/02691-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Ljubica Tasic
• Beneficiário: Folorunsho Bright Omage
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/08615-8 - Exosítios de proteínas, sítios crípticos e moonlighting: identificação, mapeamento funcional e efeitos de alteração estrutural, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/23708-6 - Aprimorando a Especificidade do CRISPR-Cas9 e a Predição da Função de Proteínas via Análise Dinâmica do Nanoambiente Proteico Interno, BE.EP.PD
• Assunto(s): Metabolômica Ressonância magnética nuclear Proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Exosítios | Metabolomica | Ml | Nmr | Proteinas | sítios crípticos | Exosítios de proteínas

Resumo

O projeto envolve o desenvolvimento de uma abordagem multicamadas para identificar exosites de proteínas usando compilação de dados e treinamento de rede neural. Um pipeline será desenvolvido para identificar potenciaisparceiros de proteínas usando experimentos de exibição de fagos e informações de co-localização. O uso de MRND ajudará a identificar parceiros proteína-proteína que interagem em loci de exosite. O projeto também envolverátriagem virtual de compostos nos exosites identificados de proteínas-alvo para identificar potenciais candidatos amedicamentos, levando em consideração a flexibilidade dos bolsos usando uma abordagem de conjunto. As bibliotecas internas de D-oligopeptídeos também serão rastreadas contra os bolsões identificados usando umaabordagem semelhante. Além dos objetivos acima, este projeto também explorará o uso de NMR e metabolômica para investigar melhor os exosítios e identificar potenciais candidatos a medicamentos. Essas técnicas complementarão os outros métodos do projeto e fornecerão uma compreensão mais abrangente dos modelos.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GISMENE, CAROLINA; VIDOTTO, VINICIUS MOREIRA; SANTOS, FABIANA DE ALMEIDA ARAUJO; COSTA, MARIANA ARAUJO; SOARES, IARA PEREIRA; OMAGE, FOLORUNSHO BRIGHT; PASCUTTI, PEDRO GERALDO; NESHICH, GORAN; RAHAL, PAULA; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY; et al. Phage display-derived peptides as molecular probes for predicting Staphylococcal Exfoliative Toxin-Desmoglein 1 interactions. International Journal of Biological Macromolecules, v. 321, p. 17-pg., 2025-07-31. (23/02691-2, 24/01956-5, 24/13327-2, 20/08615-8, 24/00876-8)

BELLOT, PAULA EMILIA NUNES RIBEIRO; BRAGA, ERIK SOBRINHO; OMAGE, FOLORUNSHO BRIGHT; NUNES, FRANCISCA LEIDE DA SILVA; LIMA, SEVERINA CARLA VIEIRA CUNHA; LYRA, CLELIA OLIVEIRA; MARCHIONI, DIRCE MARIA LOBO; PEDROSA, LUCIA FATIMA CAMPOS; BARBOSA JR, FERNANDO; TASIC, LJUBICA; et al. Plasma lipid metabolites as potential biomarkers for identifying individuals at risk of obesity-induced metabolic complications. SCIENTIFIC REPORTS, v. 13, n. 1, p. 13-pg., 2023-07-20. (16/20054-6, 18/24069-3, 14/50867-3, 22/11207-4, 23/02691-2)

MARTINS, LUCAS G.; MANZINI, BRUNA M.; MONTALVAO, SILMARA; HONORATO, MILLENE A.; COLELLA, MARINA P.; HAYAKAWA, GABRIELA G. Y.; DE PAULA, ERICH V.; ORSI, FERNANDA A.; BRAGA, ERIK S.; AVRAMOVIC, NATASA; et al. Mapping Thrombosis Serum Markers by ¹H-NMR Allied with Machine Learning Tools. Molecules, v. 29, n. 24, p. 15-pg., 2024-12-01. (21/07212-0, 16/14172-6, 23/02691-2, 14/50867-3, 18/24069-3)