Avaliação do repetoma de orquídeas da subfamília Epidendroideae

• Processo: 23/05970-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Ana Paula de Moraes
• Beneficiário: Ana Carolina Humberto
• Instituição Sede: Centro de Ciências Naturais e Humanas (CCNH). Universidade Federal do ABC (UFABC). Ministério da Educação (Brasil). Santo André , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 22/05890-3 - Associação de caracteres citogenéticos e ecológicos em Orchidaceae: integrando a citogenética, sistemática e ecologia no estudo da evolução de orquídeas neotropicais, AP.R
• Assunto(s): Sequências repetitivas de ácido nucleico DNA satélite Genomas Orchidaceae
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: DNA repetitivo | DNA satélite | Elemento transponível | Genoma | Orchidaceae | Genômica e evolução vegetal

Resumo

Variações de tamanho de genoma (TG) são consideradas uma das principais barreiras reprodutivas pós-zigóticas em plantas, sendo que tais variações podem estar associadas com processos de especiação ou de diversificação das plantas. A análise da composição do repetoma, via análises de bioinformática, permite desvendar quais sequência são responsáveis pelas mudanças dos TGs, permitindo inferências quanto às causas e o tempo da ocorrência de tais variações de TGs. A família Orchidaceae apresenta a segunda maior variação de TG dentre as famílias de plantas e a subfamília Epidendroideae sozinha representa a maior parte da variação da família. Muitas das suas espécies já foram sequenciadas e os dados estão disponíveis no banco de DNA European Nucleotide Archive (ENA; https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/). Por agrupar centenas de genomas, o ENA configura hoje como uma importante fonte de informação para projetos de bioinformática. A análise desses genomas já sequenciados permitirá gerar um banco de sequências previamente anotadas que pode otimizar o processo de anotação das espécies foco de estudo do projeto principal. Desta forma, a análise da composição genômica de espécies das tribos Cymbidae e Epidendrea (subfamília Epidendroideae) pode fornecer, ao projeto principal, um banco de sequências de DNA satélites típicas das orquídeas, além da anotação mais aprimorada de elementos transponíveis nestas espécies. Essas sequências anotadas poderão ser empregadas como um banco de dados acessório, otimizando a obtenção de resultados das espécies foco do projeto principal. Desta forma, a união da citometria de fluxo, revelando os TGs, com a bioinformática, revelando as sequências responsáveis pelas mudanças de TGs oferecerá um suporte robusto ao projeto principal, otimizando os resultados, permitindo a melhor compreensão da evolução de TG em Orchidaceae.