COWADAPT: Variantes genéticas para adaptabilidade do gado de corte a ambientes hostis reveladas por meio de um gráfico de montagem múltipla de bovinos

• Processo: 23/06637-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2023
• Situação: Interrompido
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Acordo de Cooperação: Swiss National Science Foundation (SNSF)
• Pesquisador responsável: Ricardo Vieira Ventura
• Beneficiário: Thales de Lima Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/03101-9 - COWADAPT: detecção de variantes genéticas associadas com a adaptação de bovinos a ambientes desafiadores utilizando um multi-assembly graph como referência, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 24/18544-1 - COWADAPT: Variantes genéticas para adaptabilidade do gado de corte a ambientes hostis reveladas por meio de um gráfico de montagem múltipla de bovinos, BE.EP.PD
• Assunto(s): Adaptação Genoma de referência Seleção genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: adaptation | harsh environments | multi-assembly graph | Nellore cattle | non-reference sequences | reference genome | Seleção Genômica

Resumo

Desconhece-se até que ponto os genomas individuais de gado bovino contêm sequências de DNA que faltam no genoma de referência baseado em Hereford. A análise preliminar em uma montagem Brahman, desenvolvida pelo grupo de nosso pesquisador parceiro (Animal Genomics ETH), revelou mais de 11 milhões de bases (incluindo muitas sequências de codificação supostamente novas) que eram novas quando comparadas ao genoma de referência baseado em Hereford. Nossa hipótese é que o gado Nelore carrega uma quantidade semelhante de bases não-referência. A fim de tornar essas bases e suas variantes acessíveis para análises de associação genômica planejadas no pacote de trabalho 4 (WP4) do COWADAPT (WP4: O papel da variação estrutural na adaptação do gado às condições tropicais), vamos integrar uma montagem de qualidade de referência de Nelore em um grafo multi-assembly bovino (ambos já desenvolvidos pela Animal Genomics ETH), e construir um novo grafo multi-assembly mais representativo para bovinos indicinos. Isso nos permitirá detectar sequências não-referência específicas do Nelore. A fim de tornar as novas bases de referência passíveis de análises genômicas populacionais que dependem de uma representação de referência linear, vamos extrair todas as sequências não-referência do gráfico multi-assembly que se originam da montagem Nelore e anexá-los como contigs adicionais para o Referência linear baseada em Hereford. Isso fornecerá um genoma de referência linear estendido que integra uma sequência de referência bem anotada, bem como segmentos específicos de um indínico que não estão incluídos no genoma de referência padrão de Bos taurus. A associação entre essas sequências e características relevantes para a adaptação do gado Nelore a ambientes hostis será testada no WP4. (AU)