Implementação de infraestrutura computacional para espectroscopia de RMN

• Processo: 23/10731-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Roberto Kopke Salinas
• Beneficiário: Luis Ricardo Pizzolato Cezar
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/10577-0 - Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), AP.CEPID
• Assunto(s): Química de proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biofisica Computacional | química de proteínas | RMN de proteínas | RMN de proteínas

Resumo

O objetivo do trabalho é otimizar programas de pulsos para a aquisição de experimentos de RMN multidimensional heteronuclear no instrumento de RMN de 800 MHz do IQ-USP, particularmente experimentos para atribuição de ressonâncias em proteínas isotopicamente enriquecidas (15N e 13C), e para investigar dinâmica. Aquisição de experimentos nD usando técnicas de amostragem não linear (NUS) serão implementadas, e o desempenho de diferentes programas para a reconstrução dos espectros multidimensionais será comparado. Além disso, compararemos diferentes protocolos para calcular estruturas de proteínas usando CYANA, ARIA, e NMRTist. As estruturas serão validadas por medidas de acoplamentos dipolares residuais. O objetivo final será estabelecer protocolos de melhores práticas para usar a espectroscopia de RMN para estudar estrutura, dinâmica e interações de proteínas e dar suporte ao uso e operação do instrumento de RMN.