Filogenômica, genômica populacional e identificação via CRISPR SHERLOCK de complexo de Dyckias do quadrilátero ferrífero de Minas Gerais

• Processo: 23/00765-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2023
• Situação: Interrompido
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Botânica - Botânica Aplicada
• Pesquisador responsável: Maria Imaculada Zucchi
• Beneficiário: João Victor da Silva Rabelo Araujo
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/03280-1 - Montagens de Genoma em Nível Cromossômico para Espécies Ameaçadas de Dyckia: Um Caminho para Compreender a Adaptação e a Conservação, BE.EP.DD
• Assunto(s): Conservação genética Bromelia Genética populacional Filogenia Flora do Brasil Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas Polimorfismo de um único nucleotídeo Técnicas de genotipagem Minas Gerais Quadrilátero Ferrífero
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bromélias | Crispr | flora brasileira | Genética da conservação | genômica de populações | SNPs | Conservação genética

Resumo

Dyckia spp. são bromélias xenomórficas, cujo centro de diversidade são os Campos Rupestres da Serra do Espinhaço, no estado de Minas Gerais. Apesar de sua grande diversidade, grande parte das espécies na região encontram-se ameaçadas pela atividade mineradora e agropecuária. Além disso, a baixa heterogeneidade morfológica entre espécies e a ausência de registros em herbários, torna sua identificação um desafio para seu manejo apropriado. Objetivamos desenvolver estratégias de conservação in situ e ex situ para o complexo de Dyckias da Serra do Espinhaço, através da compreensão de sua diversidade genética e estruturação populacional, incluindo o desenvolvimento de um banco de cultivo in vitro em ambiente protegido. Para tanto, determinaremos a localização e abundância das populações remanescentes do complexo Dyckias, e utilizaremos a técnica de genotipagem por sequenciamento (GBS) para identificar Single-nucleotide polymorphisms (SNPs), buscando detectar locos que possam estar sob a influência da seleção ambiental, propondo hipóteses acerca da história de dispersão, e supressão, das espécies. Além disso, de maneira pioneira, desenvolveremos uma ferramenta de identificação rápida, em nível molecular de espécie para ser usada em campo através da tecnologia recentemente criada CRISPR-SHERLOCK, facilitando dessa forma, a distinção de espécies sem necessidade de extração de DNA em laboratório e dinamizando a tomada de decisões cotidianas no ambiente natural por quaisquer profissionais. Esse projeto contribuirá para a conservação das espécies ameaçadas pela atividade antrópica na Serra do Espinhaço facilitando a tomada de decisões em seu manejo sustentável. (AU)