Análises do pan-transcriptoma da cana-de-açúcar

• Processo: 23/12496-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biologia Geral
• Pesquisador responsável: Diego Mauricio Riano Pachon
• Beneficiário: Hellen Regina Silvestre Silva
• Instituição Sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Empresa: Universidade de São Paulo (USP). Escola Politécnica (EP)
• Vinculado ao auxílio: 20/15230-5 - Centro de Pesquisa e Inovação de Gases de Efeito Estufa - RCG2I, AP.PCPE
• Assunto(s): Bioenergia Biologia computacional Cana-de-açúcar Genômica funcional Transcriptômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioenergia | bioinformática | cana-de-açúcar | Genômica Funcional | pantranscriptoma | Transcriptômica | Biologia computacional

Resumo

A cana-de-açúcar desempenha um papel de importância na economia e na matriz energética do Brasil, sendo um dos maiores produtores. A cana-de-açúcar é responsável pela geração de açúcar, etanol e eletricidade, essenciais para a economia do país, e pesquisas genéticas estão sendo desenvolvidas para aprimorar a produtividade deste cultivo. Recentemente, no Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA), foi realizada uma pesquisa com foco na inferência e anotação funcional do pan-transcriptoma da cana-de-açúcar (FAPESP 2019/24796-5). Nesse estudo, foram analisados dados públicos de transcriptoma de 48 híbridos comerciais de cana-de-açúcar, permitindo a inferência do pan-transcriptoma da cultura. Os resultados revelaram um pan-transcriptoma contendo 5.077.629 transcritos, considerando os 48 genótipos analisados. No projeto atual, os dados desse pan-transcriptoma servirão como base para a montagem dos transcriptomas de genótipos adicionais, e a análise das diferenças entre os grupos de transcritos identificados. Além disso, serão calculadas métricas, como o dn/ds, diversidade nucleotídica, e enriquecimento de categorias funcionais e de domínios proteicos nos grupos de genes/transcritos. Essas análises permitirão uma melhor compreensão das características do pan-transcriptoma da cana-de-açúcar.