Gerenciamento da InfraEstrutura HPC e Desenvolvimento de Aplicações para Portal Científico para Integração de Aplicações de Bioinformática no NBBC-HPC

• Processo: 24/11060-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2024
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2025
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Sandra Coccuzzo Sampaio Vessoni
• Beneficiário: Wesley Freitas Mantovani
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 22/11601-4 - EMU tecnológico: aquisição de um sistema de computação de alto desempenho para saúde e ciências da vida, AP.INFRA7.TECIN
• Assunto(s): Banco de dados Biologia computacional Computação de alto desempenho Infraestrutura Linux
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Banco de dados | bioinformática | Computacão de Alto Desempenho | Infraestrutura | Linux | Plataforma Web | Bioinformática

Resumo

A infraestrutura NBBC-HPC será gerenciado por aplicações centrais para alertas, logs, fila de processos, monitoramento do cluster, além de outras aplicações que poderão ser instaladas, e gerenciadas pelo bolsista de forma a adquirir maior conhecimento com os tipos de aplicações e tarefas para gerenciamento de estruturas deste porte. A infraestrutura terá um plano de gestão de dados no modelo FAPESP para servir como base para todos os projetos institucionais de forma a gerenciar a forma de armazenamento e disponibilização dos dados gerados nos projetos institucionais e do estado, sendo necessário o desenvolvimento de aplicações para soluções rápidas, sendo necessária aprendizagem sobre segurança, configuração de rede e webservices. O Portal da Ciência também conterá diversas aplicações web e bancos de dados os quais exigirão implementações e automatizações de atualizações e processos de manutenção das aplicações dentro do Portal da Ciência. As plataformas de Portais de ciência tem se expandido e se tornado mais empregado e conhecido em diversas comunidades. Os portais científicos são compostos por softwares que permitem a integração de dados reutilizáveis e técnicas especializadas via servidores Web mantendo em background a complexidade dos recursos computacionais de alto desempenho subjacentes. Atualmente vários projetos e iniciativas tem avançado em todo o mundo para desenvolver novas estruturas que possam suportar aplicações para diversos domínios científicos. As ciências biológicas a partir do avança de equipamentos tecnológicos tem revolucionado a área, como sequenciamento de última 2a e 3a geração, gerando grandes volumes de dados em dimensões exascale. A bioinformática se insere neste meio ampliando a gama de aplicações importantes em saúde, diversidade e ciências da vida com a compreensão da computação de alto desempenho, estimulando a cultura para acelerar a transição da simulação computacional de sistemas biológicos em todas as escalas. O Bolsista fará um levantamento dos Portais existentes, sua arquitetura, melhores aplicações e funcionalidades e a integração ao ambiente para gerenciar o ambiente computacional de alto desempenho do NBBC-HPC utilizado. Existem vários desafios em nível de Instalação, Configuração, número de aplicações suportadas, forma de integração com a estrutural.