Geração de um workflow de análises de bioimagens de microscopia para a determinação de atividade de Cdk2 e Cdk4 ao nível de célula única

• Processo: 24/16814-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Morfologia - Citologia e Biologia Celular
• Pesquisador responsável: Alexandre Bruni Cardoso
• Beneficiário: Lucas de Oliveira Cambuim
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Ciclo celular Microscopia de fluorescência
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análise de Bioimagens | Cdk2 e Cdk4 | ciclo celular | Microscopia de Fluorescência | ciclo celular

Resumo

As quinases dependentes de ciclina (Cdks) desempenham papel fundamental na regulação da progressão do ciclo celular. Desequilíbrios na atividade de Cdks podem levar a crescimento excessivo ou a falha na função tecidual. Uma ferramenta útil para monitorar e quantificar atividade das Cdks ao nível de célula única é o uso de sensores fluorescentes. Esses sensores são compostos por uma proteína fluorescente, segmentos peptídicos contendo sítios de fosforilação para Cdk e sequências de importação e exportação nuclear, que permitem a translocação nuclear da sonda de acordo com a fosforilação. Neste projeto, propomos obter datasets de imagens de células epiteliais mamárias EpH4 que expressam sensores fluorescentes para Cdk2 (DHB-Venus) e Cdk4/6 (mCherry-KTR) e gerar um workflow de análise destas imagens. As imagens serão obtidas por microscopia de fluorescências em condições variadas, incluindo alta e baixa densidade celular e tratamentos com inibidores de Cdk2 e de Cdk4. O workflow computacional será de fácil uso e consistirá de todas as etapas da análise, desde o processamento e a segmentação das imagens, até a quantificação da razão citoplasma/núcleo da intensidade das sondas ao nível de célula única, até a plotagem de gráficos a partir dos dados obtidos. A expectativa é que os nossos datasets e o workflow contribuam para o entendimento da atividade das Cdks em contextos fisiológicos e patológicos como no câncer.