Identificação de polimorfismos de nucleotídeo único e predição de suas consequências biológicas em RNAs não-codificadores e seus alvos no genoma de Canis lupus familiaris

• Processo: 24/10086-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Flavia Lombardi Lopes
• Beneficiário: Matheus Fujimura Soares
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária (FMVA). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araçatuba. Araçatuba , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Canino Epigenômica Análise in silico
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | canino | epigenética | In silico | ncRNA | Epigenética

Resumo

A popularização do sequenciamento de nova geração aumentou significativamente a quantidade de dados produzidos para análise em estudos genéticos e funcionais. A mutação genética mais comum é o polimorfismo de nucleotídeo único (SNP). Os estudos focam principalmente na associação de SNPs nas regiões codificadoras de proteína, porém a maioria dos SNPs está em regiões não-codificadoras. Dentre as regiões não-codificadoras, destacam-se àquelas que dão origens aos RNAs não-codificadores, como microRNAs (miRNAs) e RNAs longos não-codificadores (lncRNAs). Os miRNAs exercem sua função na regulação pós-transcricional de mRNAs através da ligação de sua região seed com a região 3' UTR dos mRNAs alvos. Já os lncRNAs exercem diversas funções biológicas, como regulação da cromatina, regulação transcricional, organização nuclear e regulação pós-transcricional. Os SNPs localizados em regiões de miRNAs e lncRNAs em humanos e animais de produção já vem sendo associados com alteração de fenótipos e doenças. Porém, os estudos são pobremente desenvolvidos na espécie que possui maior quantidade de SNPs mapeados dentre os animais, o cão doméstico (Canis lupus familiaris). Portanto, nosso objetivo é identificar SNPs em regiões não-codificadoras do genoma de cão, especialmente miRNAs, regiões 3' UTR de mRNA-alvos de miRNAs e lncRNAs e inferir significado biológico, já que essa espécie é um excelente modelo para estudos de biologia comparada com humanos. Para isso, utilizaremos o maior banco de dados de SNPs de cães domésticos atual, juntamente com bases confiáveis e constantemente atualizadas de miRNAs, posições 3' UTR e lncRNAs da espécie. Ainda, usaremos ferramentas computacionais para verificarmos a presença de SNPs nessas regiões e traremos inferências biológicas.