Detecção de RNAs longos não codificantes em transcriptoma total de cana-de-açúcar submetida a estresse biótico

• Processo: 25/03513-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Joel Nunes Leite Junior
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Poaceae Análise de sequência de RNA Elementos de DNA transponíveis Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Poaceae | RNAseq | transposable elements | Bioinformática

Resumo

A cana-de-açúcar (Saccharum sp.) é uma das culturas agrícolas de maior importância econômica mundial, utilizada nas indústrias alimentícia e de bioenergia, sendo uma alternativa sustentável aos combustíveis fósseis. O Brasil, devido ao seu clima favorável, destaca-se como o maior produtor global dessa cultura. No entanto, a produtividade da cana-de-açúcar é frequentemente ameaçada por patógenos que reduzem a produtividade. Em contrapartida, há bactérias benéficas que podem atuar contra fitopatógenos. Estudar a regulação gênica nessas interações é um desafio, especialmente devido à complexidade do genoma poliplóide da cana-de-açúcar, que é derivado de múltiplos eventos de hibridização entre espécies ancestrais e contém grandes proporções de elementos repetitivos. Nesse contexto, os RNAs longos não codificantes (lncRNAs) desempenham papéis fundamentais na regulação da expressão gênica, incluindo respostas a estresses bióticos e abióticos, muitas vezes interagindo com retrotransposons. No entanto, a identificação e a caracterização funcional de lncRNAs em genomas poliplóides permanecem pouco exploradas. Este projeto visa não apenas ampliar o conhecimento sobre os lncRNAs em plantas, mas também desenvolver uma abordagem integrada para analisar a expressão de lncRNAs associados à interação planta-microbioma. A identificação de lncRNAs e potenciais marcadores genéticos reguladores dessas interações podem oferecer novas ferramentas biotecnológicas para a proteção contra pragas agrícolas, promovendo maior eficiência produtiva e menor custo para a indústria sucroenergética.