Sequenciamento de Genoma Completo de isolados de Clostridioides difficile recuperados de equinos para determinação de fatores de virulência e genes de resistência antimicrobiana

• Processo: 25/02776-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 19 de janeiro de 2026
• Data de Término da vigência: 19 de julho de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Clínica e Cirurgia Animal
• Pesquisador responsável: Alexandre Secorun Borges
• Beneficiário: Fabricio Moreira Cerri
• Supervisor: Luis G Arroyo
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Guelph, Canadá
• Vinculado à bolsa: 24/00964-4 - Determinação dos genes de virulência e resistência a antimicrobianos de Clostridioides difficile em potros por sequenciamento de genoma completo, BP.DR
• Assunto(s): Biologia computacional Equinos Tipagem de sequências multilocus Saúde Única Clínica de grandes animais
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | equinos | Mlst | resitência a antimicrobianos | Saúde Única | Clínica de Grandes Animais

Resumo

Clostridioides difficile é um patógeno associado à diarreia em equinos de todas as idades, representando preocupação significativa para a saúde animal. Essa condição é agravada pela crescente resistência antimicrobiana, particularmente contra medicamentos amplamente utilizados, como metronidazol e vancomicina. Estudos recentes identificaram isolados multirresistentes em vários países, destacando a necessidade de investigar mais profundamente a origem e disseminação desses genes de resistência. O projeto tem como objetivo implementar técnicas avançadas para o isolamento e caracterização genômica de C. difficile em equinos. Amostras fecais serão coletadas de potros diarreicos e saudáveis (n=100) e éguas (n=100). Aproximadamente 1 g de fezes será suspensa em solução salina estéril, seguida de cultivo em meio cromogênico e incubação sob condições anaeróbicas a 37°C por 48 horas. A identificação dos isolados será baseada em características morfológicas específicas do meio de cultura, juntamente com a extração do DNA bacteriano. O DNA extraído será processado para preparação de bibliotecas usando o kit NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit, com foco em fragmentos de 800-1000 pares de bases. O sequenciamento será realizado na plataforma Illumina HiSeq2500, gerando leituras pareadas de alta qualidade. A montagem do genoma será realizada utilizando o software Unicycler. A tipagem de sequências multilocus (MLST) será realizada utilizando o banco de dados PubMLST, enquanto a análise filogenética baseada em polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) incorporará isolados de C. difficile de cavalos, humanos e outras espécies disponíveis em bancos de dados genômicos. A resistência antimicrobiana será avaliada utilizando a ferramenta Resistance Gene Identifier (CARD), aplicando critérios rigorosos para identificar genes de resistência.