Investigação do papel das assinaturas mutacionais tumorais como abordagem de reclassificação de VUS e para investigar pacientes de alto risco para câncer colorretal

• Processo: 24/15483-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Giovana Tardin Torrezan
• Beneficiário: Anthony Vladimir Campos Segura
• Instituição Sede: A C Camargo Cancer Center. Fundação Antonio Prudente (FAP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Oncogenética
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Assinaturas mutacionais | Sequenciamento de exoma tumoral | Síndromes de predisposição hereditária ao câncer | Variantes de significado incerto | Oncogenética

Resumo

Introdução: Os genes mais comuns associados às síndromes de predisposição ao câncer colorretal hereditário (CCR) e ao câncer endometrial (CE) estão envolvidos em mecanismos de reparo do DNA. Quando alterados, esses genes geram padrões específicos de mutações somáticas conhecidos como assinaturas mutacionais tumorais (TMS). Estudos pioneiros recentes na literatura ilustram como a identificação de TMS em pacientes de alto risco para CCR (AR-CCR) pode fornecer evidências para aprimorar o diagnóstico desses casos, como a reclassificação de variantes de significado incerto (VUS) e a determinação da etiologia de tumores múltiplos. Objetivos: Explorar a aplicação das assinaturas mutacionais tumorais em dois cenários: primeiro, para apoiar abordagens de reclassificação de VUS em pacientes com suspeita de câncer colorretal ou endometrial hereditário; segundo, para investigar etiologias associadas ao desenvolvimento do câncer colorretal em pacientes de alto risco. Métodos: Utilizamos quatro bases de dados provenientes de projetos anteriores do grupo, totalizando 6.100 registros de pacientes submetidos a testes genéticos germinativos e 3.000 de pacientes com CCR. Para a coorte de VUS, incluímos 17 pacientes com CCR ou CE e VUS detectadas em 8 genes envolvidos em mecanismos de reparo de DNA. Na coorte de AR-CCR, separamos dois grupos: G1, 8 pacientes com tumores sincrônicos e 1 com tumores metacrônicos; G2, 7 pacientes com polipose inexplicada. Até o momento, realizamos o sequenciamento de exoma completo (WES) de 8 amostras pareadas de DNA normal e DNA tumoral (da coorte de VUS. As variantes somáticas foram chamadas usando o Genome Analysis Toolkit (GATK), e as TMS foram atribuídas utilizando "SIGPROFILER Assignment", "R" e "Python", seguidas de uma análise de similaridade cosseno com um threshold > 0,90. Como controles negativos e positivos, para ambas as coortes, iremos utilizar a coorte de CCR do TCGA. Resultados: Observamos a presença de assinaturas de deficiência de MMR (SBS6, SBS20, ID2 e ID7) em uma amostra com VUS em PMS2 e POLD1 e positividade para metilação do promotor de MLH1. Em uma amostra com VUS em POLE identificamos uma pequena contribuição da assinatura correspondente SBS10b (8,8%), combinada com uma baixa carga mutacional. Para as demais amostras avaliadas até o momento, não foram identificadas TMS relacionadas às VUS investigadas. Conclusões: As informações obtidas até o momento para as 8 VUS não indicam patogenicidade. No entanto, testes adicionais são necessários para fornecer evidências mais robustas, incluindo comparação com os controles do TCGA. Com as futuras etapas do estudo, buscamos estabelecer e validar um conjunto de ferramentas genômicas e experimentais para a análise e aplicação de TMS em desafios relevantes para o diagnóstico de pacientes com CCR.