Regulação Epigenética em Tecido Ruminal de Bos indicus: Influências na Expressão Gênica do Hospedeiro e Interações com o Microbioma

• Processo: 24/17528-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2028
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Luciana Correia de Almeida Regitano
• Beneficiário: Jennifer Jessica Bruscadin
• Instituição Sede: Embrapa Pecuária Sudeste. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA). Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Brasil). São Carlos , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 19/04089-2 - O Hologenoma de Nelore: implicações na qualidade de carne e em eficiência alimentar, AP.ESCIENCE.TEM
• Assunto(s): Biologia de sistemas Epigenômica Bovinos de corte Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: biologia de sistemas | Epigenômica | Gado De Corte | multi-ômicas | Bioinformática

Resumo

A epigenética afeta a transcrição de genes sem alteração da sequência nucleotídica e pode interagir com a composição da microbiota de ruminantes, que possui funções ligadas à homeostase do sistema digestivo e a fenótipos complexos. Esse estudo irá investigar a interação entre epigenomas, transcriptomas e metagenomas obtidos das mesmas amostras de rúmen de bovinos Nelore (Bos indicus) utilizando métodos de predição de regiões funcionais e integração multi-ômica, contribuindo para a compreensão da influência da microbiota na regulação epigenética bem como das consequências dessa última para a expressão gênica e composição da microbiota. A população experimental consiste em 52 amostras de tecido ruminal de bovinos Nelore para os quais dados de diversas ômicas estão disponíveis, dentre elas transcriptoma e metagenoma. Para oito dessas amostras estão disponíveis dados de epigenomas provenientes de ChIP-seq, contendo picos de quatro modificações histônicas e do fator de transcrição CTCF e de ATAC-seq, identificando regiões de cromatina acessível para a ligação de fatores de transcrição. Regiões funcionais serão investigadas a partir da predição de estados da cromatina, de mecanismos reguladores epigenéticos e alelo-específicos, ampliando o conhecimento sobre a regulação de genes e de taxa relevantes para a produção animal, bem como para a identificação de variantes funcionais. Esse trabalho é inovador, pois nenhum estudo até então abordou tão consistentemente a regulação epigenética em tecido ruminal em um conjunto de dados multi-ômicos tão completo como o que apresentamos. Além de termos a maior população amostral com dados de epigenética, serão aplicados métodos adequados aos tamanhos amostrais disponíveis. Esses resultados serão complementares aos objetivos do projeto temático "O Hologenoma de Nelore: implicações na qualidade de carne e em eficiência alimentar" (Processo: 2019/04089-2), conectando-se aos resultados de outros projetos vinculados, em busca de melhor compreender a dinâmica de regulação de fenótipos complexos (AU)