Geração de dados em nível molecular nos loci do MHC usando abordagens bioinformáticas inovadoras: genômica e transcriptômica

• Processo: 25/11787-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2028
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Erick da Cruz Castelli
• Beneficiário: Nayane dos Santos Brito Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/14851-9 - Genômica Populacional Humana: uma perspectiva a partir de populações miscigenadas, AP.TEM
• Assunto(s): Genética populacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Alignment bias | Bioinformatic algorithms | haplotypes | HLA genes | NGS sequencing | population genetics | Genética de Populações

Resumo

O viés de alinhamento é o principal problema que impede a correta identificação de SNPs e haplótipos em genes do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) ao usar sequenciamento de nova geração (NGS). Os conjuntos de dados atuais apresentam viés em relação às variantes do MHC, principalmente nos genes HLA. Esses genótipos e haplótipos pouco confiáveis podem levar a conclusões incorretas sobre os aspectos evolutivos dessa importante região genômica. Além disso, o viés de alinhamento também prejudica as estimativas do nível de expressão dos genes HLA em dados de RNA-seq. Nosso objetivo é desenvolver novos algoritmos e softwares para alinhar adequadamente sequências curtas do MHC, permitindo a detecção precisa de indels, SNPs, variantes estruturais curtas, haplótipos e estimativas de expressão. O grupo do supervisor já desenvolveu métodos para os genes HLA classe I, utilizados em muitos estudos de associação com doenças e de genética populacional. Este projeto visa atualizar a abordagem existente para dar suporte aos genes HLA classe II na análise de dados de sequenciamento de DNA e RNA.