Abordagem multiômica dos efeitos do creep-feeding na acessibilidade da cromatina e regulação epigenética no músculo Longissimus thoracis de bovinos Nelore.

• Processo: 25/07716-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Nutrição e Alimentação Animal
• Pesquisador responsável: Guilherme Luis Pereira
• Beneficiário: Gustavo Henrique Russo
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 23/10842-0 - Efeito da dieta concentrada sobre marcas epigenéticas do tecido muscular Longissimus thoracis de bovinos Nelore e suas relações com aspectos de carcaça e qualidade de carne, AP.R
• Assunto(s): Bovinocultura de corte Epigenômica Análises multiômicas Gado Nelore Genômica funcional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: ATAC-seq | Bovinocultura de corte | creep-feeding | epigenética | Multiomica | Nelore | Genômica Funcional

Resumo

O Brasil é o maior exportador de carne bovina do mundo, com o rebanho Nelore representando a base da pecuária nacional devido à sua adaptação ao clima tropical. No entanto, a qualidade da carne e os índices de crescimento dessa raça ainda estão abaixo de seu potencial genético, principalmente devido a práticas nutricionais subótimas. Estudos indicam que a carne Nelore apresenta menor maciez e marmoreio em comparação a raças taurinas, com tais diferenças atribuídas principalmente ao manejo alimentar. Intervenções nutricionais precoces, como o creep-feeding (suplementação privativa para bezerros lactentes), têm demonstrado efeitos positivos no desenvolvimento muscular e adiposo, além de modular processos epigenéticos que podem impactar permanentemente a qualidade da carne. O objetivo principal deste estudo é avaliar os efeitos do creep-feeding na acessibilidade da cromatina, metilação do DNA e expressão gênica no músculo Longissimus thoracis de bovinos Nelore, integrando dados multiômicos para entender os mecanismos epigenéticos envolvidos. Especificamente, busca-se identificar regiões de cromatina diferencialmente acessíveis (RCDAs) entre animais suplementados e não suplementados, correlacionando-as com padrões de metilação e expressão gênica. Além disso, serão prospectados fatores de transcrição e vias metabólicas associadas a essas alterações, utilizando análises funcionais e integrativas para elucidar como a nutrição precoce influencia o desenvolvimento muscular e a qualidade da carne. O experimento foi conduzido com 40 bezerros Nelore, divididos em dois grupos: um recebendo creep-feeding (CF) e outro apenas sal mineral (SCF) durante a fase de amamentação. Após o desmame, todos os animais foram submetidos a suplementação intensiva até o abate. Amostras de músculo foram coletadas ao desmame e ao abate para análises de ATAC-Seq (avaliando acessibilidade da cromatina), RNA-Seq (expressão gênica) e RRBS (metilação do DNA). As bibliotecas de ATAC-Seq serão preparadas utilizando o protocolo Omni-ATAC, sequenciadas em plataforma Illumina e analisadas com ferramentas bioinformáticas como MACS2 e DiffBind para identificação de RCDAs. Os dados serão integrados via análise multiômica (DIABLO/sPLS-DA) para correlacionar acessibilidade da cromatina, metilação e expressão gênica, enquanto análises de enriquecimento funcional (GO, KEGG) revelarão vias metabólicas impactadas. Essa abordagem permitirá compreender como o creep-feeding modula a regulação epigenética ao longo da vida do animal, oferecendo insights para estratégias nutricionais que melhorem a produtividade e qualidade da carne bovina.