Revelando a diversidade global de subespécies de gêneros bacterianos por meio de dados metagenômicos em larga escala

• Processo: 25/22926-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2026
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Arthur Henrique Barrios Solano
• Supervisor: Luis Pedro Coelho
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Queensland University Of Technology, Austrália
• Vinculado à bolsa: 24/01729-9 - Desenvolvimento e aplicação de uma ferramenta computacional para investigação da diversidade de espécies bacterianas com base em dados metagenômicos, BP.DD
• Assunto(s): Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformatics | global-scale | metagenomes | species | subgroups | subspecies | Bioinformática

Resumo

Propomos investigar a diversidade de subespécies presente em grandes conjuntos de dados metagenômicos, com base no conceito de subgrupos desenvolvido no dentro do pipeline BH durante o projeto de doutorado realizado no Brasil. O pipeline BH recebe como parâmetro de entrada um gênero-alvo e aplica uma estratégia baseada em BLAST, juntamente com um Conjunto de Genomas de Referência (CGR) customizado, para identificar espécies e subespécies em conjuntos de dados metagenômicos. Neste projeto, os subgrupos serão utilizados como equivalentes a estruturas de subespécies que poderão ser detectadas em escala global. Inicialmente, os subgrupos serão analisados em detalhe para obtenção de um perfil funcional de seus genomas, com o objetivo de associar esse conceito computacional a significados biológicos e dar continuidade às investigações previamente conduzidas no Brasil para os gêneros Acinetobacter, Moraxella, Stenotrophomonas, Xanthomonas e Stutzerimonas. Além disso, outros gêneros deverão ser incluídos nessa lista, como por exemplo membros do grupo de patógenos ESKAPE. O Professor Associado Luis Pedro Coelho, que atuará como supervisor no exterior, possui experiência em análises de dados em larga escala e fornecerá acesso a conjuntos de reads pré-montadas (contigs) disponíveis na Universidade de Tecnologia de Queensland (QUT). Parte desses dados encontra-se no banco de dados SPIRE, que reúne amostras metagenômicas retiradas de diferentes locais e ambientes, caracterizadas segundo uma ontologia padronizada. O principal objetivo deste projeto é obter uma descrição detalhada das subespécies pertencentes aos gêneros selecionados, identificando correlações entre subgrupos e metadados, e detectando grupos de genes que possam explicar essas associações. (AU)