Sequenciamento de RNA de células únicas e bulk-RNAseq como ferramentas como compreender a interação Leishmania-hospedeiro

• Processo: 25/03433-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2026
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2028
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia
• Pesquisador responsável: Sandra Marcia Muxel
• Beneficiário: Dennyson Leandro Mathias da Fonseca
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 24/08802-3 - Estudo integrativo de Long noncoding RNAs e microRNAs na infecção por Leishmania, AP.R
• Assunto(s): Biologia computacional Leishmania lncRNAs Macrófagos Transcriptômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | leishmania | lncRNAs | Macrófagos | single cell RNAseq - sequenciamento de células únicas | Transcriptômica | Bioinformática e analises ômicas

Resumo

Neste projeto, temos como objetivo investigar alterações transcricionais no microambiente da infecção através do sequenciamento de RNA de células únicas e bulkRNAseq no fígado e baço de camundongos infectados com L. infantum. Formulamos a hipótese que a infecção com L. infantum altera o perfil transcriptômico das células infectadas e das células que compõem a resposta imune, de modo global, no fígado e baço de camundongos BALB/c infectados. Ainda, a infecção de camundongos C57BL/6 pode levar a um perfil distinto de transcritos comparados ao modelo BALB/c e em modelos de nocauteamento de via de reconhecimento do parasita, como o TLR2 e MyD88. A análise do sequenciamento de RNA de células únicas (scRNAseq) identificará a plasticidade transcricional e fenotípica das células desses tecidos. Ainda, a modulação da ativação das células hospedeiras, como os macrófagos, DCs, neutrófilos, linfócitos T e B, entre e outros, também é mediada por long noncoding RNA (lncRNA) e microRNAs (miRNAs), atuando na regulação transcricional e/ou pós-transcricional de genes que podem promover a morte da Leishmania. Os lncRNAs regulam a estrutura cromossômica, a transcrição de mRNAs, splicing e tradução das proteínas. A integração com dados de expressão de mRNAs e lncRNAs auxiliará no entendimento da rede de sinais mediados por estas moléculas com a susceptibilidade à infecção. O uso de ferramentas de bioinformática é possível identificar a expressão e mRNAs e lncRNAs em scRNAseq e bulkRNAseq. Também permite caracterizar o perfil transcricional em cada célula e integrar estas informações, formando redes de interações e vias ativadas durante a infecção, com potencial de identificar mRNAs e lncRNAs como potencial-alvo terapêutico. (AU)