Análise de transcriptoma e construção de banco de dados

• Processo: 09/10942-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Márcio de Castro Silva Filho
• Beneficiário: Marcelo Mendes Brandao
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52067-3 - Herbivoria e o transporte intracelular de proteínas, AP.BIOEN.TEM
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bancos de Dados | bioinformática | Interação cana-insetos praga | Transcriptoma | Genética da interação cana-insetos praga

Resumo

Todas as populações de organismos que compartilham de um mesmo habitat estão sujeitos a interagirem entre si. No caso das interações inseto-planta, uma planta-hospedeira pode ser utilizada como fonte de alimento, além de servir também como sítio para acasalamento, refúgio temporário ou estabelecimento permanente. Do ponto de vista das plantas, a ação dos herbívoros comumente tem efeitos negativos, pois diminui as chances de reprodução e sobrevivência dos indivíduos atacados, principalmente no início do ciclo de vida. Nas plantas, em resposta a herbivoria, diferentes mecanismos para reduzir o ataque de insetos foram selecionados, principalmente ligadas à ativação de vias metabólicas específicas. Algumas das defesas químicas dos vegetais a ataques por insetos são, geneticamente, expressas constitutivamente, enquanto outras possuem uma atividade modulada por danos, sejam eles físicos ou químicos sofridos pela planta. Por outro lado, os insetos fitófagos e herbívoros selecionaram evolutivamente diversas estratégias para suplantar estas barreiras defensivas das plantas. Construção de um banco de dados de anotação de ESTs provenientes das espécies em estudo (Alabama argillacea, Heliothis virescens e Spodoptera frugiperda), integrando análises do blast e ontologia. Particionamento do banco de dados de transcritos em classes por aglomeração das sequencias de acordo com regras de ligação mínima ou "transitive closure". Construção de um sistema de busca das informações geradas pelo projeto, e, manutenção e atualização dos sistemas de bioinformática necessários para a realização deste trabalho. Proposição de uma hipótese evolutiva para as proteínas das famílias de serino proteinases, em especial as tripsinas e quimotripsinas. (AU)