Aplicação e avaliação de métodos para a detecção de genes diferencialmente expressos a partir de dados de microarrays

• Processo: 07/00207-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2007
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2007
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Mutagênese
• Pesquisador responsável: Elza Tiemi Sakamoto Hojo
• Beneficiário: Juliana Lemos Bastos
• Instituição Sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Expressão gênica Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos Análise estatística de dados
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Analise | Bioinformatica | Estatistica | Expressao Genica | Microarray | Bioinformática

Resumo

A importância da Bioinformática na pesquisa biológica moderna já é uma realidade irreversível. Atualmente, um dos métodos amplamente utilizados para estudos em escala genômica é o de microarranjos de DNA (DNA microarrays). Essa tecnologia possibilita o estudo de expressão gênica transcricional numa escala genômica, mudando o paradigma dos estudos de expressão de um único gene (ou poucos genes) para uma abordagem em larga-escala. Além disso, esse método constitui uma ferramenta importante para a monitorização de variabilidade genética e suas correlações com a susceptibilidade aos compostos em populações humanas (Sakamoto Hojo et al, 2004).Em todos os estudos comparativos, o problema essencial é a identificação dos genes diferencialmente expressos entre as amostras. Apesar de simples em princípio, esse problema na realidade é complexo porque os valores de intensidade medidos são afetados por numerosas fontes de flutuação e ruído (Schuchhardt et al., 2000; Wildsmith, 2000).Diferentes métodos de análise dos dados produzem listas de genes que são notavelmente diferentes (Pan, 2002), havendo a necessidade de comparação de diferentes métodos e a busca de novas estratégias de análise que permitam a obtenção de dados com alta confiabilidade. A confirmação ou validação dos resultados produzidos por microarranjos de DNA pela utilização de técnicas independentes de quantificação de mRNA, incluindo Northern blot e RT-PCR em tempo real, tem sido empregada na maioria dos experimentos desse tipo (Chuaqui et al., 2002; Brazma et al., 2001). Entretanto, é questionável o número de genes que necessitam ser re-analisados individualmente. Para facilitar a comparação dos dados de expressão entre laboratórios é essencial que as metodologias de validação sejam minuciosamente examinadas.O objetivo do presente projeto é aplicar diferentes métodos de análise de microarranjos a conjuntos de dados obtidos (ou em andamento) em experimentos desenvolvidos pelo grupo de pesquisa visando ampliar as opções de análise dos dados de expressão gênica em larga escala e, em última instância, a obtenção de resultados mais confiáveis. Eventualmente, durante o andamento do projeto, novas estratégias de análise também poderão ser implementadas, dependendo da necessidade requerida para cada abordagem e do surgimento de novas opções na literatura. (AU)