Desenvolvimento de uma interface grafica em java para visualizacao e analise de dados gerados por eventos de splicing alternativo no transcriptoma humano.

• Processo: 02/14124-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2003
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2003
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Paulo Sergio Lopes de Oliveira
• Beneficiário: Jeryes Farah
• Instituição Sede: Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP (HCFMUSP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Transcriptoma Biologia computacional Java Processamento alternativo Interface gráfica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Interface Grafica | Java | Splicing Alternativo | Transcriptoma

Resumo

A pós-genômica surgiu como um próspero campo para que as milhares de seqüências provenientes dos projetos genoma tenham o seu significado biológico elucidado. Neste contexto, o entendimento da diversidade dos transcriptomas originados a partir dos genomas desvendados mostra um potencial extremamente animador. Um dos mecanismos descritos na literatura como capaz de gerar surpreendente diversidade protéica é o splicing alternativo. Diferentes maneiras são encontradas nos organismos para que uma isoforma seja constituída: exons podem ser retirados, introns podem ser mantidos e sítios crípticos doadores e aceitadores de splicing podem ser usados na concepção do transcrito. A quantidade de dados atual torna a análise manual destes eventos cada vez mais inviável, surgindo a necessidade do desenvolvimento de ferramentas para visualização gráfica para ajudar no processo de análise dos resultados obtidos dos processos de mineração de dados. Esse projeto visa a criação de uma base de dados local para o armazenamento de RN As transcritos (RNAs mensageiros completos e ESTs - Expressed Sequenced Tags), gerados pelo processo de splicing alternativo e a construção de uma interface gráfica para a visualização dos resultados, baseada em tecnologias amplamente utilizadas na Internet, como JAVA, HTML (Hypertext Markup Language), JavaScript e CGI (Common Gateway Interface). (AU)