Estudo da interação ligante-biomolécula através de simulações numéricas

• Processo: 01/03155-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2001
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2001
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
• Pesquisador responsável: Aguinaldo Robinson de Souza
• Beneficiário: Sidney Jurado de Carvalho
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências (FC). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Bauru. Bauru , SP, Brasil
• Assunto(s): Proteínas Calbindinas Método de Monte Carlo Métodos ab initio Ácido glutâmico
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ab Initio | Calbindina | Monte Carlo | Proteina

Resumo

No presente projeto pretendemos mapear o potencial de força médio (pfm) sentido por um íon de cálcio em sua aproximação a amino-ácidos presentes na proteína Calbindina D9k (PDB - ID 1cbi). Iremos aplicar duas abordagens: clássica e quântica. Na abordagem clássica adotaremos o algoritmo de Monte Cario Metropolis no ensemble NVT em conjunto com o "modelo da célula". O amino-ácido, ácido glutâmico (GLU65), será modelado segundo a estrutura tridimensional e cargas obtidas pelos cálculos quânticos e a solução eletrolítica será descrita pelo modelo primitivo, ou seja, a Hamiltoniana efetiva do sistema consistirá de um termo de curto alcance do tipo esfera rígida e um de longo alcance descrito pela lei de Coulomb. Na abordagem quântica a simulação computacional será feita em nível Hartree- Fock (HF) e Teoria do Funcional da Densidade (DFT) com o método híbrido B3LYP aplicando os conjuntos de funções de base 6-31G* e 6-31++G**. O solvente será considerado como um contínuo aplicando o Campo de Reação Auto Consistente (SCRF). Obteremos como resultado tanto o pfm para diferentes' aproximações do íon Cálcio ao GLU65 como as coordenadas e as cargas sobre cada átomo. Finalmente iremos estudar a influência da concentração de sal no potencial de força média. (AU)