Information technology applied to bioenergy genomics: probabilistic annotation using artificial intelligence

• Processo: 10/50569-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2011
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Acordo de Cooperação: Microsoft Research
• Pesquisador responsável: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio
• Beneficiário: Ricardo Cacheta Waldemarin
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Leifsonia xyli Trichoderma reesei

Resumo

A pesquisa em Anotação Probabilística Automática a ser conduzida tem muito a se beneficiar do envolvimento de um estudante de pós-graduação, desde os passos básicos no entendimento do arcabouço teórico até a efetiva aplicação da metodologia para a anotação da cana-de-açúcar. O início do projeto consistirá no estudo deste problema científico a partir de seus fundamentos, isto é, o estudo das BNs, uma metodologia de Inteligência Artificial. O plano de trabalho básico para o estudante de mestrado compreenderá: (I) estudo das BNse Anotação Probabilística, (II) reprodução do método SIFTER e (III) aplicação da metodologia para anotação de 2 genomas pequenos de interesse em Bioenergia e (IV) anotação de todos os ESTs disponíveis de cana-de-açúcar. Os organismos alvo, com genomas relativamente pequenos e de aplicação direta aos propósitos do programa BIOEN serão a bactéria Leifsonia xyli, que causa o raquitismo-da-soqueira em cana, e o Trichoderma reesei, um fungo filamentoso que secretas enzimas que degradam celulose. A avaliação dos resultados baseada em conhecimento biológico será encorajada, incentivando a colaboração entre os membros do laboratório e colaboradores externos no programa BIOEN. Ao término de sua pós-graduação o estudante deverá capaz de entender o arcabouço teórico e aplicá-lo qualquer problema real. (AU)