Desenvolvimento e implementação de algoritmos para simulação de informações fenotípicas e moleculares

• Processo: 06/01185-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2006
• Data de Término da vigência: 09 de agosto de 2008
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Ricardo da Fonseca
• Beneficiário: Rafael Keith Ono
• Instituição Sede: Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus Experimental de Dracena. Dracena , SP, Brasil
• Assunto(s): Biotecnologia Bovinos de corte Genética animal Simulação por computador Software livre Linux C++ (linguagem de programação)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Avaliacao Genetica | C ++ | Linux | Programacao | Simulacao | Software Livre | Simulação e Avaliação Genética Animal

Resumo

Os simuladores têm sido frequentemente utilizados em melhoramento animal com as finalidades de minimizar os custos com a montagem/manutenção de experimentos (os quais normalmente requerem grande número de animais e instalações especiais) e acelerar a obtenção dos resultados que em situações de campo seriam obtidos somente após alguns anos de trabalho. Por exemplo, em um programa de seleção com bovinos de corte durante cinco gerações os últimos resultados seriam obtidos por volta de quinze anos, no entanto, poderiam ser simulados em menos de uma hora. Mais recentemente, com os avanços na área de biotecnologia, tornaram-se disponíveis informações sobre marcadores moleculares e genes candidatos/identificados associados às características de importância econômica. Assim, um simulador de dados fenotípicos e moleculares seria de grande utilidade, uma vez que os pesquisadores poderiam gerar grande número de cenários com qualquer combinação de informações. Além disso, situações poderiam ser testadas para avaliação genética, tomadas de decisão dentro de programas de melhoramento poderiam ter seu risco reduzido e exemplos para ilustração de teorias em artigos científicos ou salas de aula poderiam ser facilmente criados. Para a implementação dos algoritmos para simulação dos dados serão utilizadas máquinas com o sistema operacional Linux. A linguagem de programação empregada será C++, a qual será "traduzida" pelo compilador g++. Três módulos integrantes do simulador serão trabalhados nesse projeto: Gerador de genomas, gerador de informações moleculares e gerador de populações. Todos os algoritmos desenvolvidos e a codificação desses (arquivos-fontes) serão disponibilizados para a comunidade científica gratuitamente. (AU)